Казалось, полная охрана должна была еще больше обогатить Богдо-Улу, но этого не произошло. Уже первая экскурсия показала, что на остепненных нижних склонах нет тарбаганов, исчезли совсем куропатки, почти не видно жаворонков, не парят в воздухе некогда бесчисленные хищные птицы. Все они не выдержали ядохимикатов, применяемых для борьбы с полевками на пригородных пастбищах. В лесу не видно косуль: они почти совсем исчезли, вытесненные маралами, которых невероятно много; маралы большими группами пасутся по опушкам, подходя в сумерки к самым домам. Когда-то высокотравные, поляны в лесу совершенно выбиты и стравлены, кустарники и подрост всюду подстрижены так, что топорщатся голые, большей частью уже мертвые ветки.
Что же произошло? Почему заповедная Богдо-Ула, где сотни лет охранялась природа, вдруг претерпевает экологическую катастрофу? Надо думать, в результате нарушения того равновесия, которое присуще этой экосистеме.
В 40-х годах на заповедной территории было около 1 тыс. оленей и плотность их популяции была 28–33 головы на 1000 га. Этот уровень численности был относительно стабилен на протяжении очень многих лет. При обилии волков популяция находилась в оптимальном состоянии: на одного взрослого самца приходилось в среднем две с половиной самки, и оленята к осени составляли 12–20 % всего поголовья.
В последующие годы при интенсивном освоении прилежащих к заповедному участку земель, примыкавших к быстро развивающейся столице, шло прежде всего полное истребление волков. Сейчас в этой части Богдо-Улы и ее окрестностях их совсем нет. Рыси на Богдо-Уле много, но она не может оказывать заметного влияния на оленей. В результате к 1972 г. численность оленей на заповедном участке достигла почти 4 тыс. голов, а плотность популяции составляла около 120 голов на 1 тыс. га. Такое количество оленей оказалось не в состоянии прокормить даже богатейшие угодья Богдо-Улы. На юге от заповедника лежит степь; широкая степная пойма Толы и остепненные в результате сведения лесов невысокие горы к северу не дают возможности оленям естественно расселяться и занимать новые районы. По ночам они нередко далеко уходят в степь, спускаются в долину Толы в поисках пастбищ, но день загоняет их обратно на Богдо-Улу. Популяция оленей угнетена: в стадах соотношение самцов и самок стало равным, оленят мы насчитали меньше 4 % всего поголовья.
Итак, заповедная Богдо-Ула необычайно ярко показала, что и здесь абсолютная охрана при резком изменении окружающих условий неизбежно влечет за собой отрицательные последствия для охраняемой экосистемы.