О безнравственности германского императора многим было известно задолго до его брака с Евпраксией. Жестокие издевательства Генриха IV над первой женой и сестрой («которую он своими руками держал в то время, когда другой её насиловал») дважды обсуждались на княжеских съездах 1073 года в Корбее и в Герстунгене. Немецкие хронисты Бруно и Ламберт оставили описания кровосмесительных отношений Генриха IV с его сестрой Адельгейдой (той самой, что воспитывала Евпраксию).
Охлаждение между супругами наступило быстро. После того как в 1089 стало ясно, что планам Генриха IV по вовлечению Киева в продолжавшуюся борьбу с папским престолом не суждено сбыться, император начал вымещать свою злобу на жене. Их отношения стремительно принимали скандальные формы. Вот что сообщают под 1093 годом «Анналы пастыря св. Дисибода» (источник 40-х годов XII века, отразивший не дошедший в самостоятельном виде источник, описывающий историю разрыва между Генрихом и Евпраксией):
«Конрад, сын императора Генриха (от первого брака. — С. Ц.) восстал против своего отца по следующей причине. Король Генрих возненавидел королеву Адельхайду, свою жену, да так, что ненависть была ещё сильнее, чем страсть, с какой он её прежде любил. Он подверг её заключению и с его позволения многие совершали над ней насилия. Как говорят, он впал в такое безумие, что даже упомянутого своего сына убеждал войти к ней. Так как тот отказался осквернить ложе отца, король, уговаривая его, принялся утверждать, будто он не его сын, а одного чужака, швабского герцога, на которого названный Конрад был чрезвычайно похож лицом. Королева же, после множества неслыханных оскорблений, нанесённых ей без вины, каким-то образом по милости Божией освободившись бегством из заключения, в котором находилась, прибыла к могущественнейшей в то время госпоже по имени Матильда (герцогине Тосканской, одной из наиболее решительных сторонниц папы. — С. Ц.). Приняв королеву, она сопроводила её к досточтимому мужу Урбану, занимавшему [тогда] апостольский престол (папе Урбану II, 1088–1099. — С. Ц.). Припав к его ногам, обливаясь слезами, в сердечном сокрушении она жаловалась о всех бедах и несчастиях, которые перенесла. Господин же папа, узнав о бедствиях королевы, движимый милосердием и состраданием, собрал всеобщий собор, который снова (Генрих уже подвергался однажды отлучению при Григории VII. — С. Ц.) отлучил короля Генриха от церкви за недопустимые, безбожные и вовеки неслыханные дела, совершённые над собственной законной супругой. Королева же, как утверждают некоторые, вернулась в свою страну и, уйдя в монастырь, стала аббатисой».