Феофилакт переговорил с Голицыным, но и тут успех имел небольшой. Князь Александр Николаевич за несколько лет своего управления Синодом сильно переменился. Постоянное его общение с духовными лицами, регулярное посещение церковных служб, рассмотрение служебных дел с частыми ссылками на церковные догматы и труды отцов церкви повлияли бы на любого, а князь обладал немалым умом и сохранил, при всей светской испорченности, стремление к добру и надежду на спасение. Вера пробудилась в нём. Однако вера его была слишком пылкой. Ему казалось недостаточным довольствоваться обычным исполнением православных обрядов (и Сперанский в том сильно его поддерживал). Уж он-то, мнилось, сумеет постигнуть сокровенные глубины Божественного учения. Разговор с Фесслером поддержал князя в этом убеждении. Впрочем, отпуская профессора, Голицын предложил ему представить конспекты своих лекций на рассмотрение академического совета.
Владыка Феофилакт был с Фесслером менее любезен. Немец представил свои замечания о постановке учебного дела в академии, предложив сократить продолжительность учебных часов и разделить предметы на главные и вспомогательные, а к «вспомогательным» отнёс эстетику, которую преподавал сам Феофилакт. На ближайшем заседании совета он обрушился с резкой критикой на Сперанского.
– Фесслер превозносит разум, упирая, однако, на условность человеческого познания, – гремел феофилакт во всю мощь своего голоса. – Начала, коим господин профессор неуклонно следовать обещается, суть начала разрушительный, а не созидательный. Он подрывает религию, приняв в основание философии своей рациональное толкование христианства… Относительно конспектов по еврейскому языку скажу, что намерение профессора показать разные диалекты, родственные еврейскому, похвально. Но того одобрить нельзя, что он хочет на диалекте арабском(!) читать историю патриарха Иосифа в том виде, как она изложена в Алькоране… Рассматривая русские церковные древности по немногим лживым или неверным европейским трудам – ибо профессор русским языком не владеет, – он рассматривает все церковные обряды как «драматическия и лирическия представления». Не ясно ли, что об обрядах Церкви думает он как о трагедиях и операх, представляемых на театре?.. На лекциях Игнатия Фесслера, – откладывая в сторону бумаги, заключил Феофилакт, – в предосторожность читателей прилично будет поставить эпиграфом сии слова Апостола: «Блюдитеся, да никто будет вас прельщати философией по стихиям мира, а не по Христе».
Оказавшись перед выбором между истиною и ересью, Феофилакт не мог лукавить. Как бы ни относился он к слабому, устаревшему петербургскому митрополиту и его приверженцам, ему, как и им, была очевидна явная духовная опасность Фесслера для православия.