Москва не только укрепила свое положение в качестве центра страны, но московский государь усилил свою власть путем издания Соборного уложения 1649 г., создав централизованный аппарат управления и закрепив самодержавный характер высшей власти в России. С.М. Соловьев так объясняет это: «В обществах, подобных русскому XVII века, в обществах, слабых внутренно, всего крепче вера во внешнюю силу. Правительство распоряжается всем, может все сделать».
В 1652 г. была установлена государственная монополия на торговлю «хлебным вином»; Торговый устав 1653 г. унифицировал таможенное обложение, а устав 1667 г. ограничивал для иностранных купцов свободу торговли внутри России. В Москве при Андреевском монастыре Ртищев в 1667 г. организовал при содействии киевских ученых монахов школу («гимнасион»), ставшую предшественницей Славяно-греко-латинской академии; в некоторых городах появились приходские школы. По инициативе Ртищева расширялась система медицинских и благотворительных учреждений (госпитали, богадельни, странноприимные дома). Эти и иные мероприятия государства были направлены на ускорение социально-экономического развития.
Однако постепенное исчерпание феодальным строем своего потенциала вело к нарастанию кризиса. Возрастание налогового бремени на податные сословия вызывали их возмущение. Рост налогов и усиление крепостного строя вызывали массовые волнения крестьян и горожан в 1648 и 1662 гг. в Москве, в 1648–1650 гг. в Новгороде и Пскове, массовое и широкое восстание С.Т. Разина в 1670–1671 гг.
Экономика страны сильно зависела от импорта. Вывозили за границу лишь сырье, причем своих грузовых судов большого водоизмещения не хватало, да и имелся лишь один порт в Архангельске. Россия была отрезана от Балтийского и Черного морей. Попытки выйти на их берега при Иване Грозном и Крымских походов оказались неудачными. Русская армия не могла вернуть земли, захваченные поляками и шведами, она терпела поражения и от войск Речи Посполитой, и даже от крымско-татарских отрядов. Русь оставалась слабой окраинной периферией Европы. Показательно, что Русское государство до 1704 г. выплачивало дань крымскому хану, который сам являлся вассалом османского султана.
Но кризис был вызван не только материальными причинами. Русское государство оказалось отрезанным от бурно развивавшегося европейского мира, его культуры, науки и экономики.
Митрополит Киевский Петр Могила (1596–1647) заботился о возрождении церковного образования и книжности. Но Катехизис, «Православное исповедание кафолической и апостольской Церкви Восточной», он был вынужден написать в 1640 г. на латинском языке с использованием катехизисов католической церкви. В то же время ослабли и связи с православным Востоком, где после падения Византийской империи в 1453 г. христианские церкви боролись за выживание, не развивался потенциал православной культуры, более того, «вера у греков пошатнулась» вследствие заключения союза с католиками (уния) на Ферраро-Флорентийском соборе в 1439 г. Уния, на которую вынужденно пошла Византия, привела к активному взаимообщению с Западом, но также побудила Русь к необходимости искать ответы на его вызовы.