Этим объясняется нежелание государства дать духовенству права самостоятельного сословия в рамках нового Уложения (общего свода законов взамен устаревшего Уложения 1649 г.), что способствовало бы материальному обеспечению священства. Была проведена радикальная секуляризация церковного имущества. Поначалу, вступив на престол, Екатерина II отменила указ о секуляризации, принятый еще Петром III, стремясь заручиться поддержкой духовенства. Убедившись в поддержке дворян, она восстановила указ покойного супруга. 28 февраля 1764 г. был опубликован высочайший манифест о переходе церковных имений в собственность государства, в результате из 732 мужских монастырей был оставлен 161, из 222 женских – всего 39. Тем самым Русская церковь была окончательно поставлена под контроль государства. В то же время положение бывших монастырских крестьян улучшилось: барщина была заменена оброком, часть монастырских земель была передана в их собственность.
По воле императрицы в 1767 г. в Комиссию по составлению нового Уложения были избраны от всех сословий 652 депутата, привезшие наказы от своих избирателей. Екатерина хотела слышать откровенные голоса, познакомиться с «умоначертанием народным», но то, что она услышала, оказалось неожиданным. Дворяне в массе своей ратовали за сохранение закрытости своего сословия, купцы – права устраивать фабрики и законы, но все сошлись по двум пунктам: плохое судопроизводство и владение крестьянами, чего желали и дворяне, и купцы, и казаки. Комиссия была «временно распущена» в декабре 1768 г., но больше не собиралась. Она выполнила свою задачу. Революционный дух европейского Просвещения, воодушевлявший императрицу, уступил место имперскому духу деспотизма.
Почитательница французских энциклопедистов оставалась на троне подлинно самодержавной царицей, не готовой к изменениям в политической системе государства. Показательно, что в период обсуждения «Наказа» Александр Ильич Бибиков, избранный маршалом (председателем) Комиссии по составлению Уложения, в ответ на вопрос одного депутата, будет ли императрица вновь собирать депутатов для обсуждения новых законов или будет издавать их сама, отвечал утвердительно, что если императрица будет довольна их трудами, то и впоследствии «уже не приступит к какой-либо важной мере… на собравши снова депутатов». Оба не знали, что рядом за ширмами стола Екатерина, которая со следующего дня стала холодна к Бибикову. Кстати, тот же свободомыслящий Бибиков был против получения дворянства чиновниками по выслуге лет, считая необходимым сохранить замкнутость первого благородного сословия.