Однако время показало, что объединение столь специфичных по методам деятельности военной и внешнеполитической разведок в рамках одного органа при всех его преимуществах затрудняло процесс управления их работой. Уже в январе 1949 года правительство приняло решение о выведении из Комитета информации военной разведки и возвращении ее в Министерство обороны.
В феврале 1949 года Комитет информации был передан под эгиду МИДа. Его руководителем стал новый министр иностранных дел А. Я. Вышинский, а позднее — заместитель министра иностранных дел В. А. Зорин. Первым заместителем председателя КИ, отвечающим за текущую оперативную работу разведки, стал Сергей Романович Савченко, до этого возглавлявший Министерство госбезопасности Украины. В ноябре 1951 года правительство приняло решение об объединении внешней разведки и внешней контрразведки под руководством Министерства госбезопасности и создании за границей единых резидентур. Комитет информации при МИДе СССР перестал существовать. Внешняя разведка стала Первым главным управлением Министерства государственной безопасности СССР.
После образования МГБ СССР в марте 1946 года Павел Судоплатов совмещал должности руководителя 4-го управления и отдела «С» министерства. 15 октября 1946 года 4-е управление было расформировано. Приказом министра МГБ СССР от 15 февраля 1947 года на генерал-лейтенанта Судоплатова была возложена организация Службы «ДР» (диверсия и террор), созданной для развертывания в случае войны разведывательно-диверсионной агентурной работы против военно-стратегических баз США и их союзников, расположенных вокруг СССР. 30 мая 1947 года отдел «С» МГБ СССР был расформирован, и Павел Анатольевич полностью сосредоточился на организации Службы «ДР» министерства.
В 1949 году министр госбезопасности Абакумов неожиданно предложил ликвидировать Службу «ДР». «Решение вопроса затянулось, — писал Виктор Степаков. — Только осенью следующего года началась реорганизация Службы. На основании специальных постановлений Политбюро ЦК ВКП(б) приказом МГБ № 00532 от 28 сентября 1950 года было создано Бюро № 1 МГБ СССР (начальник — генерал-лейтенант Павел Анатольевич Судоплатов), а приказом МГБ № 00533 от 28 сентября 1950 года — Бюро № 2 МГБ СССР (начальник — генерал-майор Виктор Александрович Дроздов). Обе структуры действовали на правах управлений и подчинялись непосредственно министру.
На Бюро № 1 возлагались те же функции и задачи, что и на Службу “ДР”.
Что касается Бюро № 2, то оно было организовано для выполнения специальных мероприятий внутри Советского Союза».