Назначен заместителем начальника 5-го отдела ГУГБ НКВД СССР (внешней разведки).
1940, 20 августа — завершена операция по ликвидации Троцкого.
1941, 3 февраля — назначен заместителем начальника Первого управления НКГБ СССР (внешней разведки).
5 июля — назначен начальником Особой группы НКВД СССР (по совместительству — заместитель начальника внешней разведки).
26 июля — по совместительству назначен заместителем начальника Центрального штаба НКВД СССР по ликвидации вражеских парашютных десантов и диверсионных групп.
3 октября — назначен начальником 2-го отдела НКВД СССР (одновременно — заместитель начальника внешней разведки).
1942, 23 января — возглавил реализацию операции «Монастырь».
Август — сентябрь — участвовал в боевых действиях на Северном Кавказе.
1944, август — возглавил реализацию операции «Березино».
1945, 8 января — назначен координатором работы центрального аппарата НКВД и НКГБ по обеспечению проведения Крымской (Ялтинской) конференции глав трех союзных держав 4—11 февраля 1945 года.
Сентябрь — по совместительству назначен начальником отдела «С» НКВД — НКГБ — МГБ СССР (координация деятельности советских разведывательных служб по созданию атомного оружия).
28 сентября — по совместительству начальник Бюро № 2 (перевод и обработка документов и материалов по атомному оружию) Специального комитета при СНК СССР (с марта 1946 года — при Совете министров СССР) по использованию атомной энергии.
Ноябрь — по совместительству назначен начальником отдела «К» НКГБ СССР, созданного для оперативного обслуживания атомных спецобъектов.
1946, 15 октября — расформировано 4-е управление МГБ СССР.
1947, 15 февраля — начальник Службы «ДР» МГБ СССР (диверсия и террор).
30 мая — расформирован отдел «С» МГБ СССР.
1948, январь — командировка в Чехословакию.
1950, январь — июнь — командировка во Львов.
28 сентября — начальник Бюро № 1 МГБ СССР (диверсионная деятельность за границей).
1953, апрель — начальник 9-го отдела МВД СССР (более известен как Бюро специальных операций).
21 августа — арестован в своем рабочем кабинете.
1958, 12 сентября — Военной коллегией Верховного суда СССР приговорен к тюремному заключению сроком на 15 лет с последующим поражением в политических правах на три года.
1968, 21 августа — освобожден из заключения.
1969 — переводчик, литератор, член Союза писателей СССР (Московское отделение).
1988, сентябрь — скончалась Эмма Карловна Судоплатова.
1992, 10 февраля — полностью реабилитирован Главной военной прокуратурой Российской Федерации.
1996, 24 сентября — скончался в Москве, прах предан земле на кладбище Донского монастыря.