Вдохновленный этой высокой миссией, глубоко и искренне верующий Филарет задумывает перевод Библии на русский язык, дабы облегчить всем образованным людям познание Слова Божия, ибо церковно-славянский, остававшийся языком богослужения, вышел из бытового употребления. Трудно предположить, что без его участия родилось намерение Александра I, изложенное Святейшему Синоду 28 февраля 1816 года, перевести Библию на русский язык. Стоит заметить, что решение о переводе принималось не крайне боязливыми и консервативно настроенными членами Святейшего Синода, а Комиссией духовных училищ и плавно перетекло в ведение Библейского общества. Там было решено «поручить дело сие ректору Санкт-Петербургской Духовной Академии о. архимандриту Филарету с прочими членами академии» (202, с. 26).
Сам Филарет, ставший «душою переводного комитета», взялся за перевод Евангелия от Иоанна, самого сложного и богословски значимого. Он составил правила для переводчиков, требуя пословного перевода Евангелия с греческого оригинала с сохранением по возможности порядка слов, а славянскую лексику употреблять лишь при отсутствии русского эквивалента или явной вульгарности выражений. Работа была завершена в конце 1817 года, Четвероевангелие на русском языке вышло в свет, а в 1823 году и весь Новый Завет на русском.
Этому предшествовала хиротония Филарета в сан епископа, совершенная 5 августа 1817 года в Троицком соборе Александро-Невской Лавры. В августе
1818 года за новые труды, за заслуги перед Церковью и Отечеством епископ Ревельский Филарет был награжден орденом святой Анны 1-й степени.
В те первые петербургские годы будущему святителю довелось узнать не только зависть и вражду в своем окружении, но и недоброжелательство венценосцев. 26 декабря 1814 года в Большой церкви Зимнего дворца он произносит слово на праздник
Рождества Христова, в котором говорит: «Бедственное ослепление людей, прельщенных миром, увеличивается тем, что слепые слепых же избирают вождями себе или дают влещи себя множеству, на которое опираясь десницею и шуйцею, мнят быть безопасны от падения… Итак, вотще стараются некоторые утончать любовь к миру, вместо того чтобы отсекать ее, и, вместо того чтобы побеждать оную любовию к Богу, надеются примирить одну с другою…» (179, т. 1, с. 84, 87). Проповедь вызвала неудовольствие вдовствующей императрицы Марии Федоровны, и с тех пор Филарета никогда не приглашали проповедовать в дворцовой церкви.
Но в те же годы ректор Духовной Академии входит в круг петербургской аристократии. У него завязываются дружеские связи с графом С. Б. Потемкиным, дочерью М. И. Кутузова Е. М. Хитрово и другими. Он выступает в роли посредника между Г. Р. Державиным и духовной цензурой, запретившей публикацию стихотворения «Христос». Он открыт для контактов, встречается с американскими квакерами, разъясняет Стефану Грелье де Мобилье значение святой Евхаристии для христианина (135, с. 142). Однако активность и открытость епископа Филарета вдруг оборачиваются против него.