Однако в николаевское царствование даже государственные законы, касавшиеся церковных вопросов, принимались без участия Святейшего Синода. Обер-прокурор Н.А. Протасов, будучи сам бюрократом-деспотом, грубо сокрушал всякое реальное и мнимое самовластие со стороны епархиальных архиереев. Независимость Филарета он терпел с трудом. После одного инцидента святитель в 1842 году покинул Синод и больше никогда не бывал на его заседаниях, хотя оставался членом Синода и продолжал принимать активное участие в рассмотрении всех дел церковного управления.
Стоит заметить, что некогда скромный провинциал обрел качества светского человека, оставшись монахом. По воспоминаниям великой княжны Ольги Николаевны, митрополит Филарет на слова фрейлин императрицы, что де Александра Федоровна «вместо того, чтобы думать о спасении души, только и делает, что танцует и гоняется за развлечениями», ответил: «Возможно. Но я думаю, что она, танцуя, попадет в рай, в то время как вы еще будете стучаться в дверь». Об отношении царской семьи к московскому митрополиту великая княжна вспоминала, что в Москве «всегда на первом месте был митрополит… Здесь, в Москве, он молился перед тем, как садились к столу, и сесть было можно только после его благословения. Филарет считался светочем Церкви…» (99, с. 202, 238).
В отличие от многих своих предшественников и современников, митрополит Филарет никогда не угождал власти, не льстил ей, он всегда держался независимо, не роняя достоинства иерарха. Любопытно, что в своих проповедях Филарет никогда не говорил государю «вы», но всегда в традициях церковной риторики «ты». Не раз он поучал и наставлял государей в проповедях. В царствование Александра II был поднят вопрос о поминовении за богослужением всех членов императорской семьи, число которых сильно увеличилось, что удлиняло службу. Святитель Филарет в своем мнении выразил не верноподданническую, а церковную позицию: «Мне кажется, – писал он 22 марта 1862 года наместнику Свято-Троицкой Лавры архимандриту Антонию (Медведеву), – Вы напрасно так строго смотрите на сокращение воспоминаний в молитвах царствующего дома и на облегчение в праздновании Царских дней. В древних изданиях греческих в великой ектении сказано только: “О благочестивейших и Богохранимых царех наших”. Не предписано даже имя царя произносить. А о царском семействе и намека нет» (182, ч. 4, с. 448).
В церковном сообществе митрополит Филарет неизменно почитался первым среди равных. Его мнение, его заключение почитались решающими во всех церковных делах. Отношения с собратьями складывались у него подчас непросто, хотя и по разным причинам. Митрополит Филарет привечал архимандрита Игнатия (Брянчанинова), будущего святителя, писал ему 12 ноября 1833 года: «Преподобный отец Игумен. Судьба Божия, поставив меня с Вами в сношение по службе, в то же время открывает случай, чтобы мы друг друга узнали в лице. Я сему рад…» (цит. по: 84, т. 3, с. 120).