Вскоре, в 1825 году, игумен Моисей был поставлен настоятелем Оптиной пустыни, которой управлял 37 лет. При нем обитель совершенно преобразилась. Увеличилось число братии, почти вдвое выросла площадь монастырских угодий, были заложены фруктовые сады, начато разведение хороших пород рогатого скота, продолжалось церковное строительство, устроены корпуса монашеских келий, гостиницы, большая библиотека, заводы и мельница.
Но более важным стало то, что при новом настоятеле церковные службы стали совершаться более благолепно, возвысился нравственный строй обители. Игумен Моисей пригласил еще нескольких пустынножителей, принадлежавших к школе старца Паисия. Богослужебный устав соблюдался с особой строгостью, братия была обязана присутствовать на богослужениях. Благодаря этому в период настоятельства преподобного Моисея сформировался особый дух Оптиной, особый строй ее внутренней жизни.
Пустынь жила по строгому общежительному уставу. У каждого инока была своя келья. Послушники и монахи, число которых в те годы составляло около 300 человек, получали послушания от настоятеля или келаря: это были работы в гостинице, на скотном дворе, в пекарне, в храме, в саду, в библиотеке и т. д. И настоятель, и монахи ничего не имели в личной собственности, все вместе с настоятелем вкушали пищу в трапезной; даже такую мелочь, как чай или сахар, монахи получали от пустыни, не говоря об одежде и обуви. Лишь для старцев в скиту пища готовилась отдельно и приносилась им в келью (159, с. 345). Внутренний дух пустыни, по воспоминаниям современников, был настолько единым, так глубоко проникал в сознание и души ее насельников, что настоятелю или старцам не было надобности принуждать к чему-либо иноков или делать им выговоры. Этот строгий и возвышенный дух обители влиял и на богомольцев.
Немало средств тратилось в Оптиной на дела благотворительные. В те годы большой приток богомольцев для иных монастырей превращался в тягость, ведь следовало голодным дать хлеба, неимущих обеспечить деньгами, больных вылечить, а средств недоставало. Да и церковная власть не поощряла «чрезмерную щедрость» монахов, и епархиальные консистории следили за этим. Иеромонах Леонид (Кавелин) как-то недоуменно спросил игумена Моисея: «Как же это вы, батюшка, пишете в расход на дрова то, что роздано беднякам?». «Ведь народ-то, чадо мое, приносит свои лепты в наше распоряжение, а не консистория, – ответил игумен. – А консистория разве позволит нам раздавать беднякам так щедро, как мы это делаем? Да это – самая невинная ложь и безгрешная!» (60, с. 136).