Между тем в 1527–1528 гг. турки взяли все венгерские крепости на Дунае, овладели всей Боснией, Хорватией и Славонией.
После разграбления Рима в 1527 году войска Габсбургов были переброшены в Венгрию и нанесли ряд поражений Яношу Запольяи. Тогда в январе 1528 года Запольяи, согласно договору в Стамбуле, подался под защиту Сулеймана Великолепного.
Фердинанд I.
Худ. Ганс Боксбергер
В марте 1528 года войска Габсбургов одержали новую победу над Запольяи, и тому пришлось бежать в Польшу.
В ответ Сулейман в 1529 году снова выступил в поход, и уже в августе турки и венгерские приверженцы Запольяи заняли Буду, восстановив короля Яноша на троне.
Против Фердинанда Сулейман двинулся дальше, в Австрию, в сентябре-октябре 1529 года турки осаждали Вену, не смогли взять город, но продолжили поддерживать Яноша Запольяи.
Переговоры между Австрией и Турцией оказались неудачными, и в 1532–1533 гг. состоялась новая война между турками и австрийцами на территории Венгрии. Брат Фердинанда, император Карл V, искусно оборонялся в Австрии и не пропустил турок вглубь Германии.
23 июля 1533 года в Стамбуле был заключен первый австро-турецкий мирный договор, согласно которому большая часть Венгрии оказалась под властью Яноша Запольяи и в вассальной зависимости от турок, а земли на западе и северо-западе Венгрии отошли к Австрии, обязавшейся за это ежегодно выплачивать султану 30 000 дукатов.
В 1530–1534 гг. фактическим регентом Венгрии был османский дипломат венецианского происхождения Альвизе Гритти (незаконный сын дожа Андреа Гритти), друг Ибрагим-паши и доверенное лицо Сулеймана Великолепного.
Гритти играл роль посредника между Сулейманом и Запольяи, но ввязался в авантюры, попытался подорвать власть Запольяи, а в июле 1534 года убил в Трансильвании одного из его главных сторонников — епископа Имре Цибака. Но трансильванские магнаты с помощью молдавского господаря Петра Рареша 29 сентября 1534 года напали на лагерь Гритти в Медиаше, он был захвачен в плен, и его убили вместе с двумя его сыновьями.
Янош Запольяи
Позиции Яноша Запольяи постепенно слабели, папа отлучил его от церкви; долгое время у Запольяи не было прямых наследников, и мало-помалу он начал склоняться к идее признать Фердинанда Габсбурга своим наследником в Венгрии.
24 февраля 1538 года в Надьвараде был заключен мир между сторонниками Фердинанда и Запольяи, согласно которому Фердинанд был признан единственным претендентом на трон, а возможные наследники Запольяи получили за это щедрое вознаграждение.
Но в 1539 году Янош Запольяи женился на Изабелле, дочери польского короля Сигизмунда I Старого, 7 июля 1540 года новая королева родила сына — Яноша Жигмонда, а 22 июля 1540 года Янош Запольяи умер, взяв клятву со своих баронов, что они откажутся выполнять условия Надьварадского мира.