Три главных его романа «Соленая Падь» (1967), «Комиссия» (1975), «После бури» (1988) — художественно-психологические хроники сибирской истории 1918–1930 годов, где немало персонажей-крестьян, поражающих зрелостью народного разума.
В «Соленой Пади» представлены два противостоящих типа людей, которым довелось организовывать народную жизнь в послереволюционный период. С одной стороны, партизанский вожак Мещеряков, естественный человек, с нормальной моралью, ориентированный на здоровую мужицкую психологию, и Брусенков, политический игрок, опасно торопящий события и не дорожащий чужими жизнями. Очевидны авторские симпатии к мещеряковским принципам, спасительным для общества. У Мещерякова был прототип — алтайский крестьянин Е. Мамонтов, создавший 80-тысячную армию, пытавшийся организовывать «партизанскую республику» на серьезных правовых основаниях, в свою очередь опиравшихся на лучшие стороны крестьянской морали. Народ и власть — основная тема романа, определяющая его сюжетное действие. В сцене суда над стариком Власихиным, «охранившим» своих сыновей от воинской службы (а, точнее, от братоубийственной войны: один должен быть в Красной Армии, другой — у Колчака), раскрывается жестокая изнанка показного народолюбия Брусенкова. С. Залыгин отказался от первоначального, традиционного для литературы о гражданской войне, плана — противоборства красных и белых — раскрыв конфликт в одном лагере — партизанском, что расширяло представление о сложностях междоусобной войны в России, о народной психологии.
В романе «Комиссия» нарисована картина жизни в сибирской деревне Лебяжка осенью 1918 года. Всегдашняя тяга С. Залыгина к документированному подтверждению описываемого сказывается здесь в первой же главе, где говорится о постановлении Временного Сибирского Правительства от 26 июля 1918 года «О регулировании хлебной торговли», рассчитанном на крестьянскую покорность. Но вместо нее — активная работа Лесной комиссии, выступающей как орган новой мужицкой власти. По логике повествования в романе, устройства новой жизни, определение ее юридических и моральных законов есть органическая, естественная способность простых людей. Лейтмотивом в романе проходит мысль: крестьянин, а также тот, кто глубоко понимает крестьянские интересы, обладает государственным мышлением. Однако, представляя Лесную комиссию символом подлинного народовластия, писатель обнажает трагическую обреченность этой, по существу, правовой утопии, уничтожаемой жестоким ходом истории. Критика отметила в романе «многоголосие» (термин М. М. Бахтина), отражающее интеллектуальное и психологическое богатство персонажей. И. Дедков писал: «У Залыгина „голоса“ ведут не столько сольную партию, сколько бьются над одной завладевшей ими темой, и каждый из них — вариант решения, вариант идеи, вариант истины и надежды»