В это время у Баязета в спешке вводили людей и обозы в цитадель. Войск пока не было видно, но звуки стрельбы приближались, так что положение быстро разъяснялось. Наконец, к цитадели потянулись раненые, а за ними — и солдаты с телом Ковалевского. Вдова, не зная еще, что с мужем, услышала от солдат, что подполковник ранен, и тщетно пыталась найти его в госпитале, пока врач не сообщил, что тот погиб. Еще один медик, доктор Китаевский, сказал ей также, что в случае, если турки ворвутся в крепость, он должен будет исполнить приказ и застрелить женщину, если она этому не воспротивится. Ковалевская выразила полное согласие.
Между тем турецкая и курдская конница показалась на гребнях гор, обрамляющих Баязет. Разведывательный отряд возвращался по улицам — он вынужден был пробиваться с боем: из окон стреляли жители. Отряды кое-как, уже в беспорядке, ввалились в цитадель. С этого момента началось «Баязетское сидение».
На Баязет шло войско Фаик-паши, 11 тысяч человек, из которых 7 тысяч — иррегулярные части. В крепости заперлись 1479 солдат и офицеров (в т. ч. шестеро медиков), а также неизвестное небольшое число иррегуляров. Поскольку Баязет рассматривался как скучная тыловая позиция, продовольствия оставили всего ничего: при минимальном размере пайка — на 9 суток.
Командование крепостью осуществляли несколько человек. Главную роль играл комендант цитадели — капитан Штоквич. По чину он был далеко не первым, но согласно русским уставам, приказы коменданта обязательны для исполнения всеми офицерами, присутствующими в крепости. Кроме него заметную роль играли подполковник Пацевич и полковник Исмаил-хан Нахичеванский (командир Эриванского конно-иррегулярного полка). Последний обратил на себя внимание уже в первый день осады: он возглавил контратаку, позволившую избежать охвата входящих в крепость отрядов. Литературно-кинематографический образ Исмаил-хана вообще сильно подпорчен в интересах, видимо, художественных. В действительности он сразу по прибытии оказал гарнизону значительные услуги, позволив многим людям спокойно войти под защиту стен.
Штоквич, несмотря на немецкую фамилию, происходил из давно и прочно обрусевшей семьи. Он родился в Тифлисской губернии в 1828 году, а его отец, офицер-«кавказец», погиб всего год спустя на русско-турецкой войне 1828—29 годов. Сам он с 19 лет служил на Кавказе, первый орден, первое ранение и первый чин прежде положенного срока получил на Крымской. Затем много лет дрался с горцами, участвовал в пленении Шамиля. Словом, во главе цитадели Баязета оказался ветеран многих схваток. Тем более странно выглядят некоторые аспекты организации им обороны цитадели. Необходимость самой рекогносцировки неочевидна, но за нее, по крайней мере, отвечали другие люди. Однако провиант (и особенно вода) почему-то не были в достаточном количестве запасены заранее, и этот момент отчего-то не получил освещения.