При первых же признаках приближения врага дозорные ударяли в висевший на башне набатный, или всполошный, колокол. По его тревожному звону посадские люди спешили в Кремль: мужчины - на помощь ратникам, старики, женщины и дети - чтобы укрыться за стенами. После этого ратные люди приводили Кремль в полную боевую готовность - ворота затворялись, а бойцы занимали позиции по стенам, башням и у ворот. Этот набатный колокол и дал башне ее название.
По преданию, первым на Набатной башне был повешен новгородский вечевой колокол - символ независимости и вечевых свобод Новгородской республики. Он был вывезен Иваном III из Новгорода после его покорения и окончательного присоединения к Московскому государству.
Кремль в то время был уже густо обстроен со всех сторон, не исключая и рыночной площади, по которой были разбросаны дворы посадских людей, лавки торговцев и деревянные церкви с погостами, где хоронили покойников.
Еще до завершения кремлевского строительства, в 1493 году, Иван III приказал снести все строения, прилегающие к Кремлю с внешней его стороны, и впредь строиться не ближе «ста сажен да девяти» от Кремля. Мера эта имела противопожарное значение и сверх того усиливала обороноспособность Кремля, создавая перед ним голое пространство, открытое для обзора и для обстрела с кремлевских стен.
Что же касается цифры - 109 сажен, то примерно такова была тогда дальность полета пули.
Приказ Ивана III больно затронул частные имущественные интересы и вызвал в Москве сильный ропот. Недовольство против великого князя подогревалось духовенством, которое было оскорблено сносом церквей и разрушением могил на погостах. Слухи о «нечести» великого князя дошли и до Новгорода, и тамошний архиепископ в письме к московскому митрополиту гневно восклицал: «А гробокопателям какова казнь писана!»
Но Иван III все же властной рукой очистил от строений всю окружающую Кремль местность, и именно с той поры рыночная площадь под Кремлем стала площадью в точном смысле этого слова - свободным от застройки широким пространством в черте города.
В 1508 году был сделан еще один шаг к усилению обороноспособности Кремля - по приказу сына и преемника Ивана III князя Василия III по всей площади вдоль восточной стены Кремля был проведен широкий и глубокий ров, соединивший реку Неглинную с Москвой-рекой. Ров этот был выложен белым камнем, имел в глубину более 8 метров, а ширину поверху около 34 метров.
Ров через подземный канал заполнили водой из запруженной Неглинной, протекавшей тогда на месте нынешней площади Революции. С обеих сторон рва были поставлены невысокие зубчатые стенки, служившие дополнительной оградой кремлевской твердыни. С той поры треугольник Кремля, словно остров, оказался окруженным водой со всех сторон. Пожалуй, Московский Кремль мог считаться в те годы одной из самых неприступных крепостей Европы.