Софья, многим обязанная стрельцам и их начальнику князю Хованскому, вскоре начала тяготиться их своеволием. Осенью того же 1682 года она обвинила Хованского в намерении уничтожить все царское семейство и самому стать царем. Хованский был арестован и казнен. Сразу же после этой казни Софья приказала срыть поставленный стрельцами столб. Он простоял на Красной площади всего четыре месяца.
В конце 1689 года произошел новый дворцовый переворот. 17-летний Петр берет власть в свои руки. Свою властолюбивую сестру Софью он заточает в Новодевичий монастырь.
Уже обозначившееся к этому времени стремление Петра к решительным преобразованиям, близость его с иноземцами, весь образ жизни молодого царя, резко отличный от привычного старомосковского уклада, вызывали острое недовольство родовой знати и консервативно настроенных слоев населения. Знаменем этих слоев стала царевна Софья, а реальной силой, на которую возлагали надежды ревнители старины, явились стрелецкие полки, недовольные появлением новых, регулярных войск, сформированных Петром.
В 1697 году Петр собирается в заграничное путешествие. Но накануне отъезда ему доносят, что стрелецкий полковник Иван Цыклер со своими друзьями по наущению Софьи замыслил убить его. Решительный Петр сам арестовал Цыклера и казнил его. Отрубленную голову Цыклера по приказу Петра привезли на Красную площадь, насадили на «железный рожон» и на несколько дней оставили так для устрашения заговорщиков. Вместе с Цыклером были казнены и другие участники заговора, среди них Федор Матвеевич Пушкин, предок нашего великого поэта. О стольнике Федоре Матвеевиче А. С. Пушкин вспоминает в своей «Родословной»:
Упрямства дух нам всем подгадил:
В родню свою неукротим,
С Петром мой пращур не поладил
И был за то повешен им.
Стрелецкие полки высылаются из Москвы. Одни направляются к польской границе, другие - на юг, для защиты недавно отвоеванного Петром у турок города Азова. Покончив с этими делами, Петр уезжает за границу. Своим временным заместителем он оставляет князя Ромодановского.
Летом 1698 года, воспользовавшись отсутствием ненавистного ей брата, Софья делает последнюю попытку расправиться с ним. Она призывает стрелецкие полки в Москву. Стрельцы тяготятся пограничной службой, скудным довольствием, тоскуют по оставленным в Москве семьям и хозяйствам. Они самовольно снимаются с места и походным порядком идут в столицу.
Весть об этом походе пришла в Москву задолго до приближения стрельцов и вызвала немалый переполох. «Начальные люди» - бояре и руководители приказов - опасались не столько взбунтовавшихся стрельцов, численность которых во всех четырех полках не превышала двух - двух с половиной тысяч человек, сколько того, что к ним примкнут московские посадские люди. Опасения эти были небезосновательны.