Четвертого ноября 1941 г. командующий войсками Крыма вице-адмирал Г. И. Левченко своим приказом объединил сухопутные войска и силы Черноморского флота, оборонявшие Главную военно-морскую базу флота, в Севастопольский оборонительный район (СОР). В него входило четыре сектора обороны, в которых войска последовательно занимали передовой, главный и тыловой рубежи, а в случае необходимости эвакуации населения и войск — рубеж прикрытия. Ставка ВГК одобрила решения Левченко о создании СОР. Зная намерения командующего Черноморским флотом Октябрьского о перебазировании в Туапсе, командующий войсками Крыма принял решение назначить командующим СОР не его, а генерала И. Е. Петрова.
Шестого ноября Октябрьский в очередной раз направил телеграмму, но только уже на имя Верховного главнокомандующего. В ней он вновь сообщил о критическом положении Севастополя и доложил, что вывел основные силы флота на базы побережья Кавказа. В этой телеграмме он еще раз указал, что контр-адмирал Жуков будет организовывать оборону Севастополя, а командный пункт флота передислоцируется в Туапсе.
Подобные действия командующего Черноморским флотом вызывают непонимание, если не сказать неприятие. Вместо того чтобы докладывать высшему военно-политическому руководству страны о совместной с командующим войсками Крыма работе по организации обороны полуострова и конкретно Главной военно-морской базы ЧФ, он настойчиво информировал Ставку о критической ситуации вокруг Севастополя и своем желании оставить его и командовать флотом из Туапсе.
Однако последующие события позволяют несколько прояснить позицию командующего ЧФ, которая объяснялась стремлением Октябрьского добиваться максимальной самостоятельности в принятии решений («кто в доме хозяин?»), дистанцироваться от «промежуточных» звеньев управления флотом и, соответственно, нежеланием отвечать за их приказы силам флота, которые, по мнению командующего ЧФ, могли привести к трагическим последствиям. И дело здесь не столько в ущемленных адмиральских амбициях, сколько в несовершенстве управления и без того ограниченными силами и средствами защитников Крыма и Севастополя. Реакция Ставки была незамедлительной. 7 ноября в адрес командующих войсками Крыма и Черноморским флотом была направлена директива «О мерах по усилению обороны Крыма». В ней отмечалось:
«С целью сковывания сил противника в Крыму и недопуска его на Кавказ через Таманский полуостров Ставка Верховного главнокомандования приказывает:
Главной задачей ЧФ считать активную оборону Севастополя и Керченского полуострова всеми силами.