Создавшаяся ситуация вынудила командующего Черноморским флотом в ночь на 1 ноября начать перебазирование кораблей эскадры из Севастополя в порты Кавказского побережья. В последующем туда были эвакуированы и некоторые службы флота, а в районе Туапсе развернут запасной флагманский командный пункт флота.
Ведя непрерывные арьергардные бои с превосходящими силами противника, Приморская армия после оставления Ишуньских позиций вынуждена была отойти к Севастополю. В то же время теснимые немецкими войсками соединения и части 51-й отдельной армии отходили к Керченскому полуострову. С 31 октября они остались без централизованного управления, поскольку штаб армии, 172-я, 184-я стрелковые, а также 40-я и 42-я кавалерийские дивизии, отрезанные клиньями моторизованных частей 11-й немецкой армии от основных сил, вынуждены были отходить к Севастополю. Учитывая сложившуюся обстановку, Верховным главнокомандованием было принято решение оборонять Керченский полуостров на Ак-Монайских позициях и остановить наступление противника. Здесь 3 ноября и была организована оборона силами остатков частей и подразделений 106, 156, 320, 157 и 276-й стрелковых дивизий 51-й отдельной армии. Общее руководство обороной возглавил командир 9-го стрелкового корпуса генерал-майор И. Ф. Дашичев.
Еще в сентябре — октябре 1941 г. на Ак-Монайском перешейке возводились инженерные сооружения: сооружались долговременные огневые точки, от Азовского до Черного моря был вырыт противотанковый ров. Это позволило задержать противника на несколько дней.
Следует отметить, что 51-я отдельная армия с начала боевых действий в конце сентября и до начала ноября 1941 г. ни разу не получала пополнений и была значительно ослаблена в ходе непрерывных боев. В армии ощущалась острая нехватка боеприпасов, противотанковых средств и средств ПВО.
Четвертого ноября противник перешел в наступление после предварительной массированной артиллерийской и авиационной подготовки. Через трое суток упорного сопротивления превосходящим силам врага наши войска были вынуждены оставить Ак-Монайские позиции. 8 ноября для оказания помощи командованию войск Крыма по решению Ставки ВГК в Керчь был направлен Маршал Советского Союза Г. И. Кулик в качестве представителя Ставки ВГК. 9 ноября командующему 51-й отдельной армией генерал-лейтенанту П. И. Батову была направлена директива Ставки ВГК за подписью Маршала Советского Союза Б. М. Шапошникова, в которой от войск армии требовалось вести жесткую оборону, а также встретить и оказать содействие Кулику