Как только противник подошел к городу и предпринял с ходу штурм, Севастопольский городской комитет обороны принял следующее решение об организационной работе и дисциплине в городе: «Ввести… на предприятиях, в штабах и командах МПВО еще более жесткую дисциплину. Все население города объявить мобилизованным. Эвакуировать всех женщин с малолетними детьми, всех больных и стариков. Больше строить убежищ скального типа. Укрыть в землю промышленные предприятия. Быстрее эвакуировать оборудование заводов, культурные и исторические ценности»>{41}. Городской комитет обороны занимался также вопросами организации партизанского движения. Им был направлен через линию фронта Севастопольский партизанский отряд в составе 200 человек. Командиром отряда был В. В. Красников>{42}. 23 октября А. В. Мокроусов был освобожден от обязанностей командующего народным ополчением и назначен командиром партизанских отрядов Крыма. Комиссаром крымских партизанских отрядов стал 1-й секретарь Симферопольского горкома партии С. В. Мартынов, начальником штаба — И. К. Сметанин, до этого возглавлявший штаб народного ополчения>{43}. Во главе партизанских отрядов были поставлены представители партийно-советского и комсомольского актива: З. Ф. Амелинов, В. Н. Домнин, Д. Ф. Ермаков, В. Г. Еременко, А. А. Зосименко, А. А. Литвиненко, Н. Д. Луговой, В. И. Никаноров, А. А. Омеров, А. О. Османов, В. И. Филиппов, В. И. Черный, М. И. Чуб. 26 октября был намечен план организации крымского подполья. Подпольный центр возглавил сотрудник Крымского обкома партии И. А. Козлов.
Осадное положение в Севастополе было введено 29 октября. В первых числах ноября Приморская армия отступала, ведя арьергардные бои с наседавшим противником. Командующий и штаб армии находились в Алуште, здесь же располагалось и командование войск Крыма, которое 2 ноября после консультаций с командующим Черноморским флотом Ф. С. Октябрьским приняло решение об оставлении Алушты и Южнобережного рубежа и эвакуации в Севастополь. 3 ноября части Приморской армии покинули город. Бывший начальник штаба Приморской армии маршал Н. И. Крылов, вспоминая тяжелые дни отступления в Крыму, писал: «Как ни трудно было на одесском плацдарме, как ни давил численный и огневой перевес на неприятельской стороне, мы уже привыкли чувствовать себя подготовленными… А воевать так, как здесь, зачастую без оборудованных позиций, без полноценной артиллерийской поддержки, без реальной возможности вызвать и нацелить, куда нужно, свою авиацию, приморцам на моей памяти не приходилось»