Моряки-азовцы обороняли Темрюк до последней возможности и оставили город лишь к исходу дня 23 августа. Последние подразделения морских пехотинцев оставили Темрюк в 1 час 40 минут 24 августа, перед уходом моряки взорвали мост и уничтожили переправы через реку Кубань и рукав дельты Кубани — Казачий Ерик, а также заминировали порт. Стойкость и мужество защитников Темрюка высоко оценил Военный совет Северо-Кавказского фронта. Командующий фронтом С. М. Будённый в самый разгар боев в районе Темрюка прислал командиру Темрюкской военно-морской базы телеграмму: «Объявите всему личному составу, что оборона Темрюка войдет в историю Отечественной войны. За героизмом, проявленным личным составом, следит вся страна, как в свое время следила за героями Севастополя. По данным разведки, вы уничтожили до 80 % состава 5-й румынской кавдивизии и до 85 % состава 9-й румынской кавалерийской дивизии. Отличившихся в боях представьте к награде»>{455}.
В конце августа Азовская флотилия с большими потерями прорвалась в Черное море, проведя через Керченский пролив 164 судна. Однако положение на фронте, потеря баз в Азовском море привели к тому, что приказом командующего Черноморским флотом от 8 сентября 1942 г. флотилия была расформирована. В сентябре ее корабли, тыловые и обеспечивающие части и органы управления были переданы Новороссийской и Керченской военно-морским базам, 2-й бригаде торпедных катеров, морская пехота — на формирование новых частей морской пехоты и пополнение уже имевшихся. В их составе они участвовали в сражениях на Таманском полуострове, в районе Анапы, под Новороссийском и в самом городе…
Новый, 1943 г. ознаменовался началом операции «Кольцо» в ходе Сталинградской битвы. Ко 2 февраля была окружена, разгромлена и пленена сильная немецкая группировка. Победа советских войск в Сталинградской битве внесла огромный вклад в достижение коренного перелома в ходе Великой Отечественной войны и оказала серьезное влияние на дальнейший ход всей Второй мировой войны. В феврале 1943 г. советские войска освободили от захватчиков почти весь Северный Кавказ. 12 февраля советские войска вошли в Краснодар, через два дня в Ростов-на-Дону. Были освобождены от фашистов Азов и Ейск.
Накануне этих событий, 3 февраля 1943 г., нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов приказал начать второе формирование Азовской военной флотилии. Корабли флотилии получили главную базу в Ейске и маневренные базы в Азове и Приморско-Ахтарской. В начале июня 1943 г. корабельный состав флотилии был представлен Отдельным Кубанским отрядом кораблей (3-й дивизион бронекатеров — 6 единиц, дивизион полуглиссеров — 12 единиц); 12-м дивизионом сторожевых катеров (3 единицы); 1-м дивизионом бронекатеров (6 единиц); 13-м дивизионом катеров-тральщиков (4 единицы) и отрядом торпедных катеров (4 единицы).