Весной Бородин ездил осматривать цинковые рудники в Вислохе, неподалеку от Гейдельберга. В июле отправился проводить в Бонн жену Модеста Яковлевича Киттары — казанского студента Зинина, в котором Николай Николаевич разглядел прирожденного технолога. Позднее Киттары был специально приглашен в Москву Обществом купцов и фабрикантов, чтобы занять кафедру технологии Московского университета. Он руководил Московской практической академией промышленных наук, выпускал «Журнал Московского общества сельского хозяйства» и газету «Промышленный листок». Этого великого практика, специалиста по кожевенному делу, винокурению, товароведению, консервированию продуктов, мыловарению московские промышленники только что на руках не носили… В Бонне Бородин не сошел на берег, а поплыл дальше до самого Роттердама.
Вернувшись в августе в Гейдельберг, Бородин обнаружил там Зинина, который готовился к обустройству в МХА повой лаборатории и с этой целью объезжал научные угодья немецких и французских коллег. Втроем с Менделеевым двинулись в Швейцарию (болезненность Бородина явно осталась в прошлом). Пылкий неугомонный Менделеев, любивший много ходить пешком, видел больше всех, запомнил больше всех и записал больше всех. В том числе общие для всех троих впечатления от грандиозного органа в швейцарском Фрайбурге: «Сумерки. В церкви освещен был только орган и горела одна лампада на алтаре. Среди этой романтической обстановки рождались звуки, в которых слышалось все, что никакой оркестр не может выполнить. Особенно поразительны звуки, подражающие человеческому пению».
Из Швейцарии прибыли в Карлсруэ, где уроженец Петербурга, но при этом природный немец Карл Вельцин принимал у себя первый в истории Международный химический конгресс, собравший весь цвет науки —150 химиков. Это было эпохальное событие: решались фундаментальные вопросы разграничения понятий молекулы и а тома, определения атомного веса, выбор единообразной системы обозначений. Решающую роль сыграл доклад Станислао Канниццаро (Бородин тут, кажется, впервые обратил внимание на итальянскую науку). Молодой, но представительный и хорошо говоривший на всех языках русский химик оказался в своей стихии. С тех пор он с энтузиазмом относился к конгрессам, съездам, обществам, будь то научные или музыкальные. В комитет из тридцати ученых, занимавшийся формулировкой проблем, он не вошел и на сессиях, по-видимому, не выступал, но принимал участие в голосованиях.
Зинин отправился домой, Бородин с Менделеевым — обратно в Гейдельберг, где пробыли всего около полутора месяцев (по-видимому, деля в целях экономии одну комнату). Затем оба направили стопы в Рим. Шел 1860 год, Италия отвоевывала независимость. Прошло всего несколько месяцев после сицилийского похода Гарибальди, давшего возможность патриоту Канниццаро наконец-то вернуться в родной Палермо после двенадцатилетнего запрета под страхом смертной казни. Естественно, австрийцы на итальянской границе тщательно проверяли всех путешественников. Менделеева и Бородина задержали и отвели в отдельную комнату, Бородину велели раздеться, что тот и сделал с несерьезным видом, да еще ногами «антраша выкинул». После обыска друзей отпустили, поезд тронулся — итальянцы вдруг кинулись за что-то благодарить русских. Выяснилось, что в том же вагоне ехал революционер, которого австрийцы проглядели, приняв за него Бородина. Из Генуи двинулись в Чивитавеккья, оттуда в Рим. В соборе Святого Петра Бородин видел папу в окружении кардиналов. В обществе Менделеева скучать не приходилось, с утра до вечера оба без отдыха осматривали церкви, музеи и усиленно посещали представления в «народных» театриках. Значит, итальянский язык уже тогда был им несколько понятен (позднее Александр Порфирьевич говорил на нем совершенно свободно).