Зловещее предзнаменование вызвало у москвичей много толков, в которых не было места надежде на царя и одобрению решений собора. Современный историк пишет по этому поводу: «Самый представительный собор середины XVI века был созван на втором году опричнины, когда опричное правительство стало на путь уступок и поиска компромисса. Этот период оказался слишком кратковременным. Новый взрыв террора положил конец дальнейшему развитию практики Земских соборов».
…Свою работу собор закончил в значительно уменьшившемся составе, что было вызвано следующим обстоятельством. Большая группа земских бояр и дворян во главе с В. Ф. Рыбиным-Пронским обратилась к царю с челобитной, в которой потребовали за содействие в войне отмены опричнины. Челобитчики писали о нестерпимом произволе опричников в отношении земцев.
Царь расценил это обращение как мятеж. Всех, чьи подписи оказались в челобитной, в тот же день арестовали, 50 человек были биты палками на торговой площади, трое обезглавлены – В. Рыбин-Пронский, Н. Карамышев и К. Бундов. Вотчину (Кострома с окрестностями) первого из них взяли в казну.
Расправа с «бунтовщиками» могла быть ещё более жестокой, но этому помешало прибытие в Москву соловецкого игумена Филиппа – кандидата в митрополиты. При восшествии на митрополичью кафедру он потребовал: «Чтоб царь и великий князь оставил опришнину. А не оставит царь и великий князь опришнины, и ему в митрополитех быти невозможно. А хоши его и поставят в митрополиты, и ему за тем митрополья оставити».
Царь уступил требованию своего кандидата на митрополичью кафедру, но оговорился: делает это ради того, чтобы не срамить предстоящие торжества; но на будущее просит Филиппа не вмешиваться в государевы дела. Игумен согласился в надежде на то, что с помощью слова божьего склонит самодержца на путь истины и правды. Летопись гласит: «И царю и великому князю со архиепископы и епископы в том было слово; и архиепископы и епископы царю и великому князю били челом о его царьском гневу. И царь и великий князь гнев свой отложил, а игумену Филиппу велел молвити своё слово архиепископом и епископом, чтобы игумен Филипп то отложил, а в опришнину и в царьской домовой обиход не вступался, а на митрополью бы ставился; а по поставленьи бы, что царь и великий князь опришнину не отставил, и в домовой ему царьский обиход вступаться не велел, и за то бы игумен Филипп митропольи не отставливал, а советывал бы с царём и великим князем, как прежние митрополиты советовали с отцем его великим князем Василием, и с дедом его великим князем Иваном».