Первоначально было девять томов Свода. В первых трёх описывается «священная» (библейская и древнееврейская) история, падение Трои, история стран Древнего Востока и Македонской державы, Древнего Рима и Византии. Тома 4–8 посвящены русской истории периода 1114–1533 годов; в 9-м томе и найденном позднее 10-м повествуется об истории Московского государства времени Ивана Грозного (события 1535–1542 и 1553–1567 годов). Девятый том летописного свода носит название Синодального, поскольку он долгое время принадлежал библиотеке Священного синода. Роскошная рукопись вся испещрена многочисленными правками, вставками и зачёркиваниями.
Перед позднейшими исследованиями сразу встал вопрос: кто осмелился превратить в черновик многолетний труд составителей, редакторов, писцов, художников? Кто заставил их заново переписывать огромнейший том? Каждое исправление, внесённое в текст, было учтено, забракованные рисунки переделаны. Так появился второй вариант 9-го тома Лицевого свода – Царственная книга.
Казалось бы, неведомый редактор должен был удовлетвориться сделанным. Но не тут-то было – в Царственной книге зачёркиваний и дополнений, приписок и поправок оказалось в десять раз больше. К тому же таинственный редактор перечеркнул ряд своих прежних вставок и заменил их. Так появился второй вариант Царственной книги.
Царственная книга – это редчайший и единственный случай в науке, когда оказалось возможным проследить черновую историю древнего памятника. И свершил это молодой учёный Даниил Натанович Алыпиц.
Первый вывод, который сделал учёный, говорил о том, что два варианта Царственной книги разделял довольно значительный промежуток времени, в который произошло много событий, изменивших прежний взгляд редактора. Самые пространные приписки, растянувшиеся на несколько листов, были вставлены в тех местах, где рассказывалось о наиболее важных периодах царствования Ивана Грозного. Вставки эти делались не просто очевидцем событий, а весьма влиятельным государственным деятелем, который мог позволить себе «портить» своими замечаниями уже готовую роскошную (с тысячами цветных миниатюр!) рукопись, предназначенную для царя и составленную в одном (!) экземпляре.
Обширные вставки порой обрамляли и текст, и рисунок рукописи, а иногда целый лист безнадёжно портила одна незначительная поправка. Безжалостный редактор заставлял художников переделывать рисунки, делая сердитые замечания: «Здесь государь написан не к делу». И это под портретом Ивана Грозного! В повелительном тоне редактор указывал, как именно надо исправить рисунок: «Тут написать у государя стол без доспехов