На следующий день митрополит оставил свою кремлёвскую резиденцию. Филипп обосновался в монастыре, сохраняя все атрибуты духовной власти. Отказ сложить с себя высокий сан он обосновывал обязательством, данным при поставлении в митрополиты: «За опришнину и за царской домовой обиход митропольи не оставливати».
В ответ Грозный создал комиссию из своих лизоблюдов и направил её в Соловецкий монастырь собирать компромат на бывшего игумена. Об итогах её деятельности Карамзин писал: «Изобрели доносы, улики, представили Иоанну и велели митрополиту явиться на суд [Освящённого собора]».
На клевету, излившуюся на Филиппа, он заявил:
– Государь, великий князь! Ты думаешь, что я боюсь тебя или смерти: нет! Достигнув глубокой старости беспорочно, не знав в пустынной жизни ни мятежных страстей, ни козней мирских, желаю так и передать дух свой Всевышнему, моему и твоему Господину. Лучше умереть невинным мучеником, нежели в сане митрополита безмолвно терпеть ужасы и беззакония сего несчастного времени. Твори, что тебе угодно.
С этими словами митрополит положил перед царём жезл митрополита, белый клобук и мантию. После чего обратился к церковной верхушке:
– А вы, святители, архимандриты, игумены и все служители алтарей! Пасите верно стадо Христово; готовьтесь дать отчёт и страшитеся небесного царя ещё более, нежели земного.
Иван IV жаждал опорочить добродетель в самом светлом её источнике. Поэтому добровольный отказ Филиппа от сана митрополита не принял, заявив, что ему следует ждать решения Освящённого собора, а не быть судьёй самому себе.
4 ноября церковный собор признал справедливым выдвинутое против Филиппа обвинение в «порочной жизни» и принял решение о его низложении. Оглашение решения собора Иван IV отложил, решив сделать его зрелищным.
В день Архангела Михаила (8 ноября) митрополит служил обедню в Успенском соборе Кремля. Неожиданно в него вломилась толпа вооружённых опричников. Любимец царя Ф. А. Басманов прервал службу и огласил решение собора о лишении Филиппа пастырского сана. Опричники тут же сорвали с митрополита святительскую одежду и облекли его в бедную ризу. Мётлами пастыря прогнали из храма. Усадив его в простые дровни, отвезли в Богоявленский монастырь и заключили в «злосмрадную хлевину» (камеру).
Через восемь дней узника перевели в обитель Святого Николая Старого, к которой сразу началось паломничество москвичей, сопереживавших страдальцу. Опасаясь худшего, царь приказал отвезти Филиппа в тверской Отроч монастырь.
Через год (январь 1570-го) по дороге в Новгород царь послал к оклеветанному им святителю Малюту Скуратова, который должен был испросить благословение для него. Это, конечно, был всего лишь внешний повод для визита к узнику: палач знал своё дело. Знал и о давнем желании Грозного сжечь Филиппа (Освящённый собор не решился на это). Словом, встреча с кровавым изувером стала последним днём жизни пастыря, дерзнувшего противостоять зарвавшемуся деспоту и бросившему ему в лицо провидческую фразу: «Злое сеяние не принесёт плода вожделенного».