В это время был совершён поход против Казани, закончившийся неудачей. Молодой царь не желал мириться с фактическим поражением и начал готовиться к реваншу. Царские воеводы, проанализировав итоги всех столкновений с Казанью, пришли к выводу о необходимости создания опорного центра неподалёку от столицы татарского ханства. Эта задача была возложена на Ивана Выродкова.
Предстояло возвести в непосредственной близости от Казани крепость, способную вместить достаточное количество войск. Конечно, противник не позволил бы строить никаких укреплений вблизи себя, поэтому это надо было сделать буквально за считаные дни.
В связи с этим вспомнили о древней русской традиции сборки в чистом поле так называемых гуляй-городов. Задача Ивана Выродкова осложнялась тем, что строить предстояло крупную цитадель. Но дьяк успешно справился с порученным делом.
Почти всю зиму 1550/51 годов под Угличем звучали топоры дровосеков, заготавливавших огромное количество брёвен. Затем началась сборка срубов. Брёвна в них нумеровали. Затем разобранные срубы отвозили к судам и в сопровождении охраны спускали вниз по Волге.
При впадении в Волгу её правого притока Свияги расчистили и спланировали место для будущей крепости, территория которой составляла 150 гектаров (то есть почти в шесть раз больше территории Московского кремля). Затем на глазах изумлённых татар, не успевших уразуметь, чем занимаются русы, напротив Казани начали стремительно расти стены и башни цитадели.
Так возник город Свияжск. Пискарёвский летописец в повествовании «О поставлении Новагорода Свиязково» под 7059 (1551) годом отмечал: «Не стерпя царь и великий князь козанских татар измену, посылает дияка Ивана Вырыдкова на Волгу, в Углецкой уезд, в Ушатых вотчину, церкви и города рубити».
После окончания работ по сборке крепости внутри неё построили храмы, подсобные помещения для хранения воинских припасов и погреба для пороха. Так буквально на пустом месте за неделю с небольшим в двадцати верстах от Казани вырос опорный пункт русской армии, в котором сразу же разместился большой гарнизон под командованием воеводы С. И. Микулинского.
А Иван Выродков, успешно справившийся с личным заданием царя, в августе отправился в Казань как доверенное лицо государя. Его задачей было посадить на ханский престол ставленника Москвы Шигалея и освободить русских пленников. Но в Казанском ханстве взяла верх антимосковская группировка. Поход русских сил стал неизбежен.
Летом 1552 года огромное русское войско во главе с Иваном Грозным двинулось на Казань. В походе участвовал и дьяк-фортификатор И. Г. Выродков. Как и раньше, Иван Григорьевич выполнял функции военного инженера. При подготовке штурма Казани он прославился сооружением туров – передвижных деревянных башен. Под его началом находилась и часть русской артиллерии.