Опричнина была введена в январе 1565 года. Иван Грозный, известный своим ханжеством и лицемерием, не без сарказма употребил этот термин (он означал вдовью долю) в отношении тех земель, которые взял под свою государеву руку. Остальные земли Русского государства стали именоваться земщиной. Они лишались высокого покровительства прогневавшегося царя, становились как бы государством в государстве, отдавались на разграбление опричным людям.
В Москве к опричнине отошли земли по правую сторону реки Неглинной, к земщине – по левую. Центром её стал Опричный двор, построенный напротив Кремля, на расстоянии ружейного выстрела от его стен. Опричный двор возвели на месте многочисленных строений бояр и торговых людей, разрушенных по приказу царя. Территория двора была выровнена белым песком, привезённым с Москвы-реки. В низких местах его слой достигал полуметра («локтя»). Именно по этому насыпному песку было уточнено местоположение Опричного двора, когда строились здания университета.
Со всех сторон двор окружала стена высотой в три сажени (более шести метров): на одну сажень от земли – из тёсаного камня, на две других – из обожжённых кирпичей. Наверху стены были сведены на острый угол. Крыши и бойницы не делались. В стенах было трое ворот: северные, южные и восточные.
Северные ворота покрывали железные полосы. Изнутри (по обе стороны ворот) торчали огромные брёвна, врытые в землю. Брёвна имели отверстия для засова, которым запирались ворота. В центре их украшал двуглавый орёл с распростёртыми крыльями. По сторонам орла стояли два льва. Вместо глаз у них были вставлены зеркала. Один лев «смотрел» в сторону земщины, грозно ощетинив пасть. И орёл, и львы были вырезаны из дерева и раскрашены.
Южные ворота имели небольшие размеры: через них могли проехать только всадник или повозка. Восточные ворота предназначались исключительно для великого князя, его лошадей и саней. Западную сторону двора занимала большая, ничем не застроенная площадь.
В центре Опричного двора высились три монументальных здания. Над каждым из них был шпиц с двуглавым орлом. Орлы, сделанные из дерева и окрашенные в чёрный цвет, грудью были обращены к земщине. Одно из зданий находилось против восточных ворот, это были покои царя. Вокруг них шёл крытый переход, примыкая к стене. Напротив находился маленький помост в виде квадратного стола. С помоста государь садился на коня. Через восточные ворота Иван Грозный выезжал в сопровождении только опричников. Князья и бояре не могли следовать через них ни во двор, ни со двора.