Двадцать шестого февраля 2002 года в посольство США в Москве обратился некий Александр Сыпачев. Он очень нервничал, и его поведение показалось неадекватным постовому милиционеру, а потому информация на странного посетителя поступила в органы ФСБ. В результате предварительной проверки оказалось, что Сыпачев — полковник ГРУ; военные контрразведчики выяснили, что задания на посещение посольства он не получал… 4 апреля, когда Сыпачев закладывал в условленное место пакет с секретной информацией, он был задержан. 11 ноября 2002 года Московский окружной военный суд признал его виновным в покушении на государственную измену и, учитывая чистосердечное раскаяние и содействие следствию, приговорил к восьми годам лишения свободы.
Две большие шпионские сети были раскрыты и обезврежены военными контрразведчиками во взаимодействии с сотрудниками других подразделений ФСБ в 2002 и 2004 годах на Дальнем Востоке. «Дядя Ваня», сотрудник одной из спецслужб, вербовал агентов из числа ездивших в Китай «челноков», не гнушавшихся мелкой контрабандой: это давало возможность их шантажировать. Проинструктированные агенты вовлекали в свой преступный «бизнес» бывших и действующих военнослужащих, притом что некоторые из них собирали сведения на основе материальной заинтересованности, а другие разглашали секреты из желания помочь друзьям. В итоге к отправке за рубеж были подготовлены секретные документы, образцы вооружения и боевой техники — вплоть до авиационного двигателя и противотанковых реактивных снарядов. Но далеко не всех привлекали «заманчивые» предложения; сначала до военных контрразведчиков дошла информация о шпионской сети, развернутой «коммерсантами» Александром Белошапкиным и Виктором Поповым, а затем о «бизнесмене» Павле Носике, о привлеченном им к «делу» бывшем заместителе командира авиационной эскадрильи майоре запаса Викторе Смале и офицерах, доверчивостью которых воспользовался бывший сослуживец… В итоге Смаль был приговорен к пятнадцати с половиной годам заключения. Попов сам себе вынес приговор, повесившись в тюремной камере. Серьезные сроки наказаний получили также и те, кто, забыв о необходимости «строго хранить военную и государственную тайну», «по дружбе» помогал шпионам.
В 2004 году в поле зрения военных контрразведчиков попал еще один бывший сотрудник ГРУ — полковник запаса Сергей Скрипаль. Он позволял себе дорогостоящие поездки за границу, под различными предлогами выходил на свои старые связи в центральном аппарате военной разведки, пытался завязать новые знакомства, получить конфиденциальную информацию. Было установлено, что во время работы в Испании Скрипаль тайно открыл банковский счет, на который регулярно поступали денежные перечисления; в 1999 году он приобрел для сына трехкомнатную квартиру, произвел дорогостоящий ремонт собственного жилья, купил дачу и автомобиль. Военные контрразведчики предположили, что они имеют дело с агентом иностранной спецслужбы, — и действительно, в конце 2004 года была зафиксирована встреча Скрипаля с сотрудником британской МИ-6, после чего он был арестован. 9 августа 2006 года Московский окружной военный суд приговорил изменника к тринадцати годам заключения в колонии строгого режима.