В соответствии с постановлением Государственного Комитета Обороны № 187с от 17 июля 1941 г. органы 3-го Управления НКО были преобразованы в особые отделы и возвращены в прямое подчинение вновь объединенного НКВД. Своей директивой № 169 от 18 июля 1941 г. нарком внутренних дел СССР Л.П. Берия разъяснил задачи особых отделов в свете проведенной реорганизации следующим образом: «Смысл преобразования органов Третьего управления в особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу со шпионами, предателями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникёрами и дезорганизаторами. Беспощадная расправа с паникёрами, трусами, дезертирами, подрывающими мощь и порочащими честь Красной Армии, так же важна, как и борьба со шпионами и диверсией». В процессе этого преобразования под юрисдикцию НКВД СССР перешли и созданные НКО заградительные отряды.
Приказом НКВД СССР № 00941 от 19 июля 1941 г. при особых отделах дивизий и корпусов были сформированы отдельные стрелковые взводы, при особых отделах армий — отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов — отдельные стрелковые батальоны, укомплектованные личным составом войск НКВД. Одновременно была разработана и доведена до сведения нижестоящих органов «Инструкция для особых отделов НКВД по борьбе с дезертирами, трусами и паникёрами». В ней были детально расписаны все мероприятия по организации службы заграждения, а также их конкретные функции и задачи. В предоставленных особым отделам указанными документами правах есть право на арест дезертиров, а в необходимых случаях и право расстрела на местах. В связи с этим необходимо еще раз подчеркнуть, что эти права были предоставлены особым отделам Постановлением ГКО СССР № 187с от 17 июля 1941 г. То есть абсолютно законным образом с учетом, естественно, особой специфики военного времени.
Приказом № 39212 от 28 июля 1941 г. Управление особых отделов НКВД СССР разослало указание об усилении работы заградительных отрядов по выявлению и разоблачению агентуры противника, перебрасываемой через линию фронта. Дело в том, что германский абвер принял на вооружение стратегию тотальной заброски различной агентуры в прифронтовую полосу и тыл советских войск, что, естественно, и потребовало резкого усиления работы заградительных отрядов.
Последовавший вскоре новый этап в активизации деятельности заградительных отрядов, как и при создании их прототипов, вновь оказался связан с инициативой именно армейского генералитета. Директивой № 001650 от 5 сентября 1941 г. Ставка Верховного Главнокомандования удовлетворила просьбу командующего Брянским фронтом генерал-лейтенанта А.И. Еременко. В ней говорилось: «Ставка ознакомилась с Вашей докладной запиской и разрешает Вам создать заградительные отряды в тех дивизиях, которые зарекомендовали себя как неустойчивые. Цель заградительных отрядов — не допускать самовольного отхода частей, а в случае бегства остановить, применяя при необходимости оружие».