Л.П. Берия открыто шел на конфликт со всеми должностными лицами, вплоть до И.В. Сталина, если речь шла о подчинении его войск командованию Красной Армии. Несмотря на сложнейшую ситуацию на фронтах, к концу первого периода войны он добился того, чтобы войска НКВД в прифронтовой полосе привлекались к участию непосредственно в боевых действиях только с разрешения наркомата внутренних дел, лично его и Ставки. Основой для утверждения такого порядка явилось утвержденное наркомом и Генеральным штабом еще 28 апреля 1942 г. «Положение о войсках НКВД СССР, охраняющих тыл Действующей Красной армии». Организационно-штатная структура, кадровые вопросы, а также использование этих частей для выполнения других задач находились в ведении наркомата. При этом войска подчинялись военным советам фронтов только в оперативном отношении, в остальном — управлению войск НКВД по охране тыла фронта. Без разрешения наркомата внутренних дел командующий фронтом не имел права передислоцировать ни одну воинскую часть НКВД. Это стало итогом первого периода войны, хотя проекты и положения разрабатывались ранее, но не было согласования именно в этом принципиальном вопросе. В дальнейшем при разработке планов применения внутренних войск в военное время вопрос их оперативного подчинения всегда оставался ключевым. На Кавказе войска НКВД привлекались к участию в боях в самых трудных, чаще всего безвыходных ситуациях. Они обеспечивали охрану и оборону переправы через Манычское водохранилище. При возникновении реальной угрозы захвата ключевых объектов, от удержания которых зависели судьбы армий и в целом всей оборонительной операции, именно войска НКВД уничтожали прорвавшиеся части противника, в том числе и в горах.
Во многих книгах о битве за Кавказ обойден вниманием заместитель командующего 46-й армией, малоизвестный тогда офицер — полковник И.И. Пияшев. До этого он командовал 7-й дивизией войск НКВД в Воронеже, имел богатый опыт оборонительных боев с первых дней войны в Прибалтике, вначале в войсках НКВД по охране железнодорожных сооружений, где был командиром полка, затем — командиром 34-го мсп войск НКВД. Несомненно, что его назначение состоялось при участии Берия. В биографии этого талантливого офицера много малоизвестных страниц. За войну он командовал различными частями, соединениями, награжден десятью орденами. Судьба его, как и генерала И.И. Масленникова, была тесно связана с Берия, и жизнь его оборвалась в 1956 г.
Именно Пияшеву была поставлена задача остановить немцев на гудаутском и сухумском направлениях. В тот период немецкие горнострелковые части, преодолев хребет, не дошли до моря около двадцати километров. Сводной группе из внутренних и пограничных войск, стрелковых подразделений Красной Армии, курсантов Сухумского и Тбилисского пехотных училищ, истребительных отрядов НКВД удалось не только остановить немецкую группировку, но и отбросить ее на северные склоны Санчарских перевалов к 20 октября. Остальные перевалы, захваченные немцами, отбить так и не удалось до их общего отхода. По приказу Берия на Кавказ в срочном порядке были переброшены две стрелковые бригады, 5 стрелковых и два мотострелковых полка и другие части НКВД. Это позволило в августе — сентябре 1942 г. сосредоточить на Кавказе до 9 дивизий внутренних войск. К этому времени в регионе было сосредоточено около 80 тысяч солдат и офицеров войск НКВД, в том числе резерв не менее 10 тысяч человек. В дальнейшем численность была доведена до 120 тысяч военнослужащих. Во взаимодействии с частями Красной Армии на перевалах действовало 8 полков внутренних войск, 7 отдельных батальонов, 14 горнострелковых отрядов войск НКВД, более 70 разведывательных и партизанских групп. В составе войск НКВД находились сформированные из горцев добровольческие отряды. Среди них был Сванский отряд во главе с офицером внутренних войск Н. Лукашевым, бойцы которого героически сражались с противником. Таким образом, вся территория Северного Кавказа и Закавказья оказалась под контролем войск НКВД.