Позиция Хаксли расколола палеонтологов на два непримиримых лагеря. Одни из них безоговорочно приняли все доводы Хаксли, другие же отвергали саму возможность происхождения птиц от динозавров. Надо сказать, что аргументы противников гипотезы Хаксли тоже выглядели вполне обоснованными — динозавры считались холоднокровными рептилиями, а для активного полета нужен такой высокоэффективный обмен веществ, который присущ только теплокровным животным; грудная кость (своеобразная «вилочка»), существующая и у современных птиц и необходимая для полета, у динозавров отсутствует, исчезнув в ходе эволюции. Следовательно, одинаковые черты, отмеченные и у динозавров, и у птиц, — это всего лишь схожая реакция приспособления двух разных групп организмов на одинаковые условия природной среды.
Кроме того, многие палеонтологи, не разделявшие идеи Хаксли, вообще отказались признать в археоптериксе птицу, так как животное это обладало целым рядом черт, присущих оперенным динозаврам, — это и зубастая пасть, и когти на крыльях, и длинный, как у ящера, хвост, и тяжелые, непригодные для полета кости.
Этот концептуальный спор, длящийся уже более века, временами приобретал необычайный накал, а дискуссии между представителями двух направлений нередко превращались в настоящие схватки — дело доходило даже до обвинений в фальсификации ископаемых останков археоптерикса. И одна, и другая стороны пытались найти ключ к решению тайны происхождения птиц, исследуя все новые находки палеонтологов, тщательно анализируя строение скелетов различных динозавров.
В итоге большинство палеонтологов сошлось на том, что археоптерикс — все же птица, пусть и примитивная, но в качестве предка современных птиц выступать может едва ли. Ученые считают, что ящерохвостые птицы, к которым и был отнесен археоптерикс, — лишь боковая ветвь эволюции. Поскольку в это же время на Земле уже существовали более совершенные настоящие птицы, ископаемые останки которых науке известны. Серьезный вклад в их изучение внес крупный российский палеонтолог Евгений Курочкин.
В 60-х годах прошлого века палеонтолог Джон Остром пересмотрел и дополнил свежими идеями гипотезу Хаксли, которая в результате этого приобрела новых сторонников. Десятилетие спустя казавшийся незыблемым постулат о холоднокровности всех динозавров стал подвергаться очень серьезным сомнениям. К этому же времени относятся и первые находки мелких окаменевших динозавров, в скелетах которых были обнаружены костяные «вилочки». И все же «триумф» тех палеонтологов, которые считали птиц прямыми потомками динозавров, оказался преждевременным — эмбриологические исследования, проведенные в 1990-х годах, не подтверждали родства этих групп животных. Для противников гипотезы Хаксли гораздо более убедительной представляется мысль о том, что прародителями современных птиц являются предки динозавров — текодонты, крупные пресмыкающиеся, жившие 300 млн. лет назад и давшие начало и динозаврам, и птицам, которые развивались независимо друг от друга. Но, как и столетие назад, с этой точкой зрения готовы поспорить десятки весьма именитых палеонтологов.