Что же касается названия самого озера, то можно предположить, что получило оно его от реки Кены, вытекающей из плавно сужающейся северо-восточной оконечности — Кенорецкого плеса.
Кенозерские берега обживались с IV тысячелетия до н. э. народом Волго-Окского междуречья. 20 поселений эпохи неолита, относящихся к так называемой Каргопольской культуре, были обнаружены тут археологами. Заселявшие эти земли в начале I тысячелетия протосаамы к VI веку были вытеснены племенами легендарной заволоцкой чуди. До сих пор их финноугорская речь слышна во многих названиях — Чаженьга, Майлахта, Тамбичлахта, Чолма. До сих пор здесь поминают «чудские ямы» и «чудские могильники». Гуляли тут и викинги — воины, мореплаватели и торговцы.
Русские селились на этих землях в два этапа, с X века — новгородцы и ростово-суздальцы, а после включения Двинской земли в состав Московского государства (1478 год) — с XV по XVII век уже все остальные.
Историки утверждают, что культура «леса», характерная для финноугров, и культура «поля», свойственная русским, вполне мирно уживались между собой и взаимодействовали, формируя особую культуру Русского Севера.
С колонистами в эти места пришли священники и монахи. В крае образовывались монастыри, пустыни и церкви, укрепляющие здешнее население в христианстве среди языческого окружения. До сего дня по берегам Кенозера сохранилось 39 деревянных часовен — такой концентрации нет больше нигде в России. Они ставились в благодарность Богу за избавление от падежа скота, неурожая, массовых эпидемий, разгула стихий. Это было в общерусском обычае — возводить обыденные храмы, «об ин день», то есть «в один день». Большинство из сохранившихся часовен построены в XVIII и XIX веках по «самовольному хотению» жителей. Каждая деревня имела свою часовню и свои кресты. Часто строили их из особых деревьев, срубленных в завеченном лесу, не использовавшемся для светских нужд. Местоположение этих лесов жители никому не раскрывают и поныне.
А главное, что все эти часовни и кресты устанавливались по границе освоенной территории, отделяя этот мир от иного, как пограничным знаком. Пространство очищалось ими от нечисти, а ее в тайге и болотах, по мнению кенозерцев, водилось немало…
Впервые за долгую свою историю самобытная культура Кенозерья привлекла к себе серьезное внимание во второй половине XIX века. Настоящее открытие этого края произошло, когда исследователи фольклора — вначале, в 1860 году, Павел Николаевич Рыбников, а за ним Александр Федорович Гильфердинг — обнаружили тут нетронутый слой самобытной эпической поэзии и стали подробно изучать его. Тогда мало кто поверил, что прямо под боком, недалеко от Петербурга, сокрыт клад народных былин. Древнерусские былины не были рассеяны по Северу беспорядочно, а локализовались в центрах — Беломорье, Пинеге, нижней Мизени, нижней Печоре. Наиболее богато былинными традициями было Заонежье, где жили тогда известные сказители. Таким центром явилось и Кенозерье. Посетив эти места 10 лет спустя после экспедиции Рыбникова, Гильфердинг отметил явное угасание былинных традиций, и только на Кенозере они продолжали процветать. «Свобода» и «глушь» — так объяснял он это обстоятельство. 83 былины из Кенозерья, неподдельные жемчужины народного героического эпоса, вошли в его сборник «Онежские былины» 1873 года, который до сих пор остается классикой для каждого серьезного фольклориста. До нас дошли имена сказителей старин: Трофима Григорьевича Рябинина, Кузьмы Ивановича Романова, Василия Петровича Щеголенка.