На первых порах решением основных организационных вопросов занималась небольшая комиссия, позже было создано Русское императорское общество акклиматизации животных и растений.
Вначале зоопарк предполагалось разбить на территории нынешнего Нескучного сада, но для освоения этого, тогда нехоженого и дикого места требовались немалые средства, которых у общественной организации не было.
В результате были выбраны Пресненские пруды, которые тогда хоть и считались глухой окраиной Москвы, но дикими все-таки не были –– на этих прудах проходили народные гулянья. Царское правительство пожаловало энтузиастам 10 тысяч рублей золотом, сами они также собрали некоторое количество денег чтением публичных лекций, а кроме того, вокруг Общества сразу организовался круг единомышленников-меценатов: Юсуповы, Сумароковы-Эльстоны, Феррейны. Первые выставочные показы животных на территории зоопарка были проведены еще летом 1863 года, но официальное его открытие состоялось лишь зимой 1864 года. Стоит заметить, что устроители, будучи настоящими северянами, не побоялись приурочить это событие именно к зиме, несмотря на морозы и снег.
На момент открытия в зоопарке находилось 294 животных: половина из них — диких, половина домашних… Огромный вклад в создание первой коллекции внесли ученики Рулье –– А.П. Богданов и С.А. Усов. И если первый, скорее, являлся прекрасным организатором, то второй слыл грамотным зоотехником, умеющим и любящим работать с животными. Про него, кстати, говорили, что он был человеком в высшей степени странным и что первый в коллекции представитель кенгуриного семейства до того, как прибыть в вольер, не просто вольготно жил в небольшом поместье Усова, но и спал на его кровати…
С момента своего открытия Московскому зоопарку пришлось пережить много событий. Порой, когда дело доходило до полного разорения, его пытались передавать в частные руки, но, становясь индивидуальной собственностью, он разом терял свое назначение… Были в его истории и совсем тягостные времена. Так, например, революционные волнения 1905 года, проходившие в непосредственной близости от территории зоопарка, привели к тому, что не щадившие ничего на своем пути артиллерийские снаряды попали в главный вход и полностью его уничтожили. А в 1917 году зоопарк вообще оказался на грани исчезновения — прекратило свое существование Общество акклиматизации, большинство специалистов были вынуждены эмигрировать. Но поскольку, несмотря на исторические катаклизмы, животные нуждались и в кормежке, и в уходе, оставшиеся сотрудники «вытягивали» своих питомцев из последних сил. Большая часть территории была отдана под огороды, мясо для хищников добывали всеми правдами и неправдами, в ход шли даже иглы дикобраза, которые продавали, чтобы выручить немного денег на корм. Как зоопарк выжил в те годы, трудно сказать… Несколько облегчила положение последовавшая в 1919 году национализация — перейдя в ведение Наркомпроса, зоопарк стал получать некоторые субсидии, хотя и явно недостаточные. Лишь спустя 4 года он перешел в ведение Моссовета (зоопарк и по сей день существует благодаря городскому бюджету).