Непрекращающиеся репрессии царского правительства вынуждал партию прибегать к гибкой тактике, которая позволяла бы уходить из под ударов полицейской охранки, сохранять старые кадры партии, готовить новые из числа наиболее сознательных рабочих. Это нашло отражение в принятом единогласно проекте резолюции «О характере организационных формах партийной работы».
Значение организационных вопросов неизмеримо возросло в процессе очищения партии от оппортунистов. Пражская конференция РСДРП завершила и закрепила эту длительную работу большевиков. Она отметила, что ликвидаторы как идейно, так и организационно давно порвали с РСДРП и пытаются создать новую легальную партию. Главные издания ликвидаторов «Наша заря» и «Дело жизни», объявившие партию «уже ликвидированною» окончательно поставили себя вне ее рядов. Заграничные группы, не подчинившиеся ЦК и через его голову поддерживающие связи с Россией также лишали себя права именоваться РСДРП.
«Наконец удалось — вопреки ликвидаторской сволочи — возродить партию и ее Центральный Комитет» — писал Ленин Горькому после окончания конференции.
Наступил день выборов Центрального Комитета РСДРП. Конференция приняла решение избрать ЦК в составе семи человек. Жестокая необходимость конспирации диктовала свои условия. Установили следующий порядок выборов, каждый делегат составляет список кандидатов и передает записку Ленину. Результаты не оглашаются. О них знает только Ленин, он сам потом сообщит каждому члену ЦК о его избрании.
В ЦК вошли В. И. Ленин, Ф. И. Голощекин, Г. К. Орджоникидзе, С. С. Спандарян и другие.
На Пленуме ЦК, который состоялся в конце работы конференции было решено кооптировать в состав ЦК И. С. Белостоцкого и И. В. Сталина, а несколько позднее — Г. И. Петровского и Я. М. Свердлова. Ряд кандидатур наметили для кооптации в члены ЦК на случай ареста кого либо из его основного состава. Это были А. С. Бубнов, М.И. Калинин, А. П. Смирнов, Е. Д. Стасова и С. Г. Шаумян
Для практического руководства партийной работой в России было создано Русское бюро ЦК в составе Г. К. Орджоникидзе, С. С. Спандаряна, Ф. И. Голощекина, И. В. Сталина и Е. Д. Стасовой. Руководителем техническо-транспортной группы утвердили О. А. Пятницкого.
В. И. Ленин возглавил редакционную коллегию центрального органа партии газеты «Социал-демократ». Он вновь был избран представителем РСДРП в Международном социалистическом бюро.
Пражская партийная конференция по своему политическому содержанию и организационному значению равнялась партийному съезду. Она отразила единодушную поддержку ленинской политической линии и тактики крупнейшими партийными организациями России.