Военная карьера молодого Лопеца началась под начальством герцога Антонио Менрик-Нахара. Герцог ценил Игнатия и покровительствовал ему.
С такой же страстью, с какой он увлекался придворной жизнью, Игнатий увлекался и военной деятельностью. Он проявил безудержную храбрость и отвагу и сразу выдвинулся из толпы сотоварищей.
Скоро удалось ему получить и ответственный пост. Умер Фердинанд III, и на престол вступил его внук, шестнадцатилетний Карлос I. Скоро умер и другой дед Карлоса, император германский Максимилиан I, и Карлос был объявлен императором под именем Карла V. Охваченный военным пылом, Карл V скоро начал войну с Францией. Испанские войска двинулись во владения французского короля и покорили Наварру. В этом походе принял участие и
Игнатий Лопец. Как способному офицеру ему была поручена цитадель в Помпелуне.
Скоро однако счастье изменило испанцам: французский полководец победоносно прошел по всей Наварре и осадил Помпелуну. Город должен был сдаться, но комендант цитадели ни за что не хотел сложить оружие. Несмотря на вдесятеро большие силы врага, он решил сопротивляться до последней возможности и не изменил своего намерения, несмотря на самые почетные условия, предлагавшиеся французами.
Неизвестно, долго ли продержался бы Лопец, если бы случайно во время приступа он не был ранен. Оторвавшийся от стены камень перешиб ногу Игнатия Лопец, и он упал без чувств. Солдаты воспользовались этим и отдались врагу.
Победитель отнесся к своему противнику с полным уважением, принял меры для оказания первоначальной помощи, а потом помог добраться до родного замка Лойолы. Так, после долгого отсутствия, Игнатий Лопец, может быть, впервые возвратился в родной дом.
Счастье войны скоро перешло опять на сторону испанцев: французы были прогнаны, и Наварра очищена от врагов. Но Игнатию Лопец более уже не пришлось принять участие в войне.
Это было в 1521 году, когда Игнатию было уже тридцать лет.
Лечение ноги Игнатия Лопец медленно подвигалось вперед: нога плохо срасталась, и приглашенные хирурги не нашли ничего лучше, как вновь се сломать. Ужасную операцию Игнатий Лопец перенес спокойно и мужественно. Рыцаря более всего беспокоило возможное уродство ноги, поэтому, когда оказалось, что благодаря неудачной операции из мяса выше колена высунулась какая-то косточка, он велел ее отпилить, несмотря на страшную боль, которую он чувствовал от этой операции.
Заботы Игнатия Лопец о том, чтобы не стать уродом, однако не увенчались успехом: одна нога его стала короче другой. Остроумные хирурги предложили ему исправить этот недостаток с помощью какой-то машины, которая должна была вытянуть укороченную ногу. Лопец согласился и на эти мучения, только бы избавиться от неприятного недостатка. Но напрасно трудились хирурги — Лопец остался уродом.