Однако по своему характеру Лигачев не был расположен к аппаратной работе. Поэтому всякий раз, оказавшись по воле судеб на аппаратной службе, он принимался искать малейшую возможность, чтобы уйти, пусть и с понижением, но на самостоятельную стезю, от бумаг — к живым людям, живому делу. В 50-е годы с благополучной аппаратной должности заместителя председателя Новосибирского облисполкома ушел первым секретарем Советского райкома КПСС. Это стало одним из поворотных событий в его судьбе. На территории района быстрыми темпами создавался знаменитый на всю страну, а позже и на весь мир, новосибирский Академгородок. В совместных заботах Лигачев сблизился с лидерами советской науки, легендарными отцами-основателями Сибирского отделения АН СССР академиками Лаврентьевым, Христиановичем, Марчуком, Соболевым, Будкером, Александровым, другими выдающимися советскими учеными, у которых, как сам позже вспоминал, «многому, очень многому научился».
Поскольку создание Сибирского отделения АН СССР велось при активном содействии со стороны ЦК КПСС и правительства, Лигачев в роли секретаря Советского райкома впервые оказался в поле зрения людей из высших московских инстанций. За этим последовало промежуточное повышение в секретари по идеологии Новосибирского обкома партии, и в 1961 году— приглашение в Москву на должность заместителя заведующего отделом агитации и пропаганды Бюро ЦК КПСС по РСФСР (было у нас такое во времена Хрущева).
Осенью 1965 года, в очередной раз наскучив аппаратной службой, пусть даже и в столице, Лигачев обратился к новому лидеру партии Брежневу с просьбой «направить на партийную работу куда-нибудь подальше от Москвы, желательно в Сибирь». Брежнев, славившийся своим даром разбираться в людях («умел использовать людей, как книги», — сказал о нем его многомудрый помощник Александров-Агентов), верно оценил незаурядные способности и бескорыстную амбициозность 45-летнего ходатая, предложив ему в качестве полигона для самостоятельной деятельности забытую Богом и людьми в стороне от главных сибирских дорог Томскую область. Лигачев отказываться не стал, хотя «особой радости не ощутил».
Много лет спустя, уже после XXVIII съезда КПСС, на котором Горбачеву наконец-то удалось лишить его всех партийных постов и вывести из состава ЦК, Лигачев, окидывая мысленным взором пепелище своей партийной карьеры, смог по достоинству оценить годы работы с подачи Брежнева в Томске: «Теперь, с дистанции времени, могу сказать, что томский период был самым интересным, самым прекрасным в моей жизни».