Подписанный в 1583 г. мирный договор закрепил завоёванные русские территории за Швецией, но, не удовлетворившись достигнутым, уже в 1590 г. Швеция начала новый «drang nah Ost. На этот раз зоной интересов интервентов стало русское Поморье и, в частности, порт Архангельск, который предполагалось полностью уничтожить, что привело бы к переориентации торговли на порты, располагавшиеся в восточной части Балтийского моря, находившиеся под шведским влиянием. Но боевые действия сложились для агрессора неудачно и в результате заключённого в 1595 г. Тявзинского мирного договора, шведам пришлось вернуть Русскому государству крепость Корелу, город Кола, Двинские земли, Ладожское озеро и реку Неву.
Однако в результате длительных боевых действий территория Карелии была фактически полностью разорена. Сознавая важность этого региона, Москва установила значительные льготы для жителей региона с целью его скорейшего восстановления.. В частности, население освободили от уплаты оброка срокам на десять лет и дали право на беспошлинную торговлю в столице.
Но начавшийся процесс восстановления экономики региона продолжался недолго. Начавшаяся знаменитая Русская Смута в начале XVII века подвигла Швецию к новым захватам, и к 1617 г. Россия потеряла весь Карельский перешеек и часть территорий, относившихся к новгородским владениям (в частности Йжорская земля). Административным центром отторгнутых территорий стал г. Нарва, в котором шведы основали столицу генерал-гебернаторства Ингерманландии. В результате этой войны Россия оказалась полностью изолированной от побережья Балтийского моря. Одним из результатов этой экспансии явилось то, что свыше 30 тыс. человек предпочли покинуть свои исконные места обитания, попавшие под власть оккупантов.
Ввязавшись в Тридцатилетнюю войну в Европе, Швеция на длительное время оказалась отвлечённой от походов на восток, и в течение всего этого времени Москва пыталась усилить оборону своих северо-западных рубежей. Основным способом решения этой задачи было введение института «пашенных солдат», которые фактически были сведены в полурегулярные территориальные подразделения и части, наряду с защитой решавшие и задачу освоения обезлюдевших в результате длительных конфликтов территорий. Практически аналогичные меры для закрепления захваченных территорий предпринимала и Швеция.
Интенсификация развития России, предпринятая Петром Великим вызвала и естественную борьбу за утраченные исконно русские земли и, что было ещё важнее, за выход к Чёрному и Балтийским морям. В результате длительной Северной войны Швеция потерпела серьёзное поражение и вынуждена была уступить России всё Северное Приладожье, южную часть Карельского уезда, значительную часть Прибалтики и острова в Финском заливе. Справедливости ради стоит отметить, что в начатых ещё в ходе боевых действий на так называемом Аландском конгрессе переговорах Швеции предлагались куда более мягкие условия мира, нежели те, на которые она вынуждена была согласиться при подписании Ништадского мирного договора 1721 г. В немалой степени экономическому развитию Карелии способствовало основание в начале XVIII века Санкт-Петербурга, ставшего новой столицей Российской Империи.