В первые три недели апреля ударные самолеты F-l5E и F-117 ВВС США бомбили цели в окрестностях Белграда и других крупных городов Сербии, американцы также осуществляли пуски крылатых ракет. Знаковым событие в истории воздушной войны стали первые боевые вылеты стратегических бомбардировщиков В-2. «Спириты» работали со своего постоянного аэродрома базирования в штате Миссури. Боевой вылет стратегического бомбардировщика продолжался порядка 30 часов, за время полета В-2 несколько раз дозаправлялись от воздушных танкеров. «Спириты» сбросили более 600 боеприпасов JDAMS. Удары управляемыми ракетами AGM-130 и бомбами GBU-15 авиация наносила по командным пунктам вооруженных и полиции Югославии, нефтеперерабатывающим заводам, телевизионным станциям, мостам через Дунай и другим важнейшим целям. Как правило боеприпасы поражали цели с высокой точностью, но имели место и промахи, которые привели к жертвам среди местного населения. В апреле появилась масса фотоснимков и видеозаписей, запечатлевших разрушения Белграда, комментаторы оценили ущерб, нанесенный столице Югославии в 10 миллиардов долларов. Политические последствия от ударов ежедневно оценивались высшими руководителями стран Запада, такими как Клинтон и Блэр.
Удары по Белграду стали поводом для ожесточенных дебатов относительно стратегии и тактики воздушной кампании между непосредственным руководителем операции Шортом и его начальником Кларком, который поддерживал многих политиков Запада. Шорт считал, что требуется приложить максимальные усилия для разрушения стратегических объектов в глубине территории Югославии, усилив тем самым военно-политическое давление на режим Милошевича. Шорт полагал – «темные города» вызовут падение морального духа населения страны. Авиации НАТО следовало вывести из строя в первую очередь электростанции Удары по индустриальным центрам лишат Милошевича поддержки населения, после чего политическая элита Сербии станет решать проблему Косово по предложенным Западом рецептам.
Шорт предложил более чем спорную стратегию. Вашингтон и правительства союзных США стран скептически относились к атакам так называемых «объектов двойного назначения» вроде электростанций.
Согласно легальным законам ведения войны они считались гражданскими объектами. Франция и Британия с одной стороны на словах поддерживали налеты американских самолетов на Белград, с другой – при каждом удобном случае подчеркивали, что британская или французская авиация в бомбежках югославской столицы участия не принимает. Не все члены НАТО однозначно относились даже к воздушной кампании в целом, так Греция отказалась предоставить свои базы или самолеты в распоряжение командования Альянса. Не принимая в расчет мнение союзников, США в одностороннем порядке приняли решение усилить интенсивность налетов на Белград. «Собственный взгляд» Вашингтон продемонстрировал когда даже не проинформировал НАТО об использовании в операции «Союзническая сила» стратегических бомбардировщиков В-2. Решение о привлечении «Спиритов» принималось только в Вашингтоне и Пентагоне.