На следующий день чекисты спустились в обширные одесские катакомбы, настроенные весьма враждебно друг к другу. При резидентуре Молодцова (оперативный псевдоним "Бадаев") было создано три партизанских отряда. Первый, под командованием одесского горного инженера партийца Афанасия Клименко, в составе 33 бойцов-добровольцев из местного населения, должен был постоянно находиться в пригородных подземных катакомбах и периодически совершать боевые вылазки на поверхность. Второй отряд, также возглавляемый партийным активистом, бывшим председателем сельсовета Антоном Федоровичем (оперативный псевдоним "Петр Бойко"), состоял из нескольких боевых и агентурных групп. Ему предстояло действовать непосредственно в самой Одессе. Бойцы обоих отрядов были заблаговременно снабжены личным оружием, в городе на конспиративных квартирах были созданы тайные склады с вооружением и взрывчаткой. Для жизнеобеспечения отряда Клименко в катакомбах подготовили специальную базу, где хранились различные продукты питания, рассчитанные на 5-6-месячное пребывание под землей 40-50 человек. Туда же поместили 60 винтовок, 7 пулеметов, около 200 гранат, 40 тысяч патронов, 800 кг взрывчатых веществ, радиостанцию и большое количество теплых вещей. Третий, состоящий из 19 чекистов, образовывал центр разведывательной сети и являл собой самостоятельную боевую группу. Она разместилась в отдельной базе, взяв запас полугодовой продуктов и снаряжения в расчете на два десятка человек. Никто не предполагал, что оккупация затянется надолго.
Одесские пригородные катакомбы, располагавшиеся в окрестностях сел Нерубайское, Куяльники и Усатово, представляли собой один общий лабиринт с большим количеством внутренних проходов и сотнями выходов наружу, расстояние между которыми по ходам сообщения достигало 15 км. О том, что в оккупированной Одессе остался мощный очаг сопротивления, сигуранце (румынской контрразведке) было известно. В одном из ее документов о борьбе с партизанским движением говорилось: "Советское правительство организовало и хорошо снабдило действия партизан на потерянных территориях. Партизаны составляют невидимую армию коммунистов на этих территориях и действуют со всем упорством, прибегая к самым изощренным методам выполнения заданий, ради которых они оставлены. Вообще все население, одни сознательно, другие несознательно, помогают действиям партизан."
Перед уходом под землю партизаны Клименко дали бой оккупантам. В результате длительной перестрелки с только что вошедшими в город румынскими войсками были убиты и ранены до 50 вражеских солдат и офицеров. Партизаны же потерь не имели вообще. Отдельный чекистский отряд, в силу своей удаленности, в открытый бой с захватчиками не вступил. В течение последующих месяцев москвичи и одесситы сочетали операции против немцев и румын с жестокими разборками между собой. В первой половине ноября 1941 года по заданию Молодцова партизаны подорвали полотно железной дороги между станциями Дачная и 2-я Застава. В результате движение на дороге было приостановлено на сутки. Затем была взорвана городская комендатура, под обломками которой погибли около 140 офицеров противника, в том числе 2 генерала. Вскоре последовал взрыв плотины Хаджибейского лимана и нескольких военных складов. 17 ноября группой Кузнецова в районе станции Застава был пущен под откос воинский эшелон с боеприпасами и живой силой противника. Из-под обломков разрушенного поезда румыны извлекли около 250 трупов своих солдат и офицеров. Затем чекисты поумерили активность – стало не до врага. Вынужденные не только воевать плечом к плечу, но и жить бок о бок, они не прекращали грызню, поводом для которой становились бытовые мелочи. При этом Молодцов и Кузнецов продолжали претендовать на единоначальное командование, что также не вносило дружелюбия в ряды подчиненных.