Тогда следствие отрабатывало разные версии, но связь между гибелью Петухова и его конфликтом с руководством ЮКОСа подтверждения не нашла. В СМИ также были обнародованы другие версии. Например, «семейная» – после гибели мэра Фарида Исламова получила более полумиллиона долларов.
Существовала также версия, связанная с борьбой за оптовый продуктово-вещевой рынок города. Дело в том, что Владимир Петухов закрыл старый рынок, на котором распоряжались выходцы с Кавказа, и создал новый. Значительная доля нового рынка контролировалась уже «Дебитом».
Ряд свидетелей на судах над Алексеем Пичугиным и Леонидом Невзлиным утверждали, что убийство мэра Петухова было невыгодно руководству ЮКОСа, поскольку срывало переговорный процесс с администрацией и негативно сказалось на репутации нефтяной компании.
Более того, бывший охранник Владимира Петухова Михаил Смирнов высказывал мнение, что идея об организации убийства ЮКОСом ему представляется бессмысленной, потому что накануне преступления все разногласия между мэром и нефтяной компанией были улажены, было подписано соглашение. По воспоминаниям Смирнова, Петухов остался очень доволен этим результатом.
Так зачем ЮКОСу было его убивать?
Примечательно, что признания Цигельника и Решетникова, назвавшихся исполнителями убийства, противоречат показаниям очевидцев.
Свидетели убийства сумели составить фотороботы преступников, указав, что это были молодые люди примерно одинакового роста (170-175 см), с лицами славянского типа и темно-русыми волосами.
Впоследствии они опознали задержанных Попова и Приходько, внешность которых полностью соответствовала описанию убийц Петухова. По данным ряда СМИ, Попов и Приходько были членами преступной группировки из города Камышин. Через некоторое время мера пресечения Попову и Приходько была изменена на не связанную с содержанием под стражей, и вскоре они погибли при странных обстоятельствах. Дело было прекращено.
В свою очередь, Цигельник и Решетников не подходят ни под одно описание внешности, зафиксированное ранее в свидетельских показаниях: обоим больше сорока лет, оба темноволосые, а Решетников имеет восточный тип лица.
Однако подобные противоречия прокуроров Катаева и Гудим нисколько не смутили.
В качестве «вещдока» против Алексея Пичугина Камиль Кашаев представил суду ксерокопию паспорта Михаила Ходорковского. В этом документе указано, что экс-глава ЮКОСа родился 26 июня. Мэра Петухова убили тоже 26 июня, значит, утверждал гособвинитель, это сделал Пичугин «в подарок» Ходорковскому на день рождения...