11 июля 2006 года, выступая в Мосгорсуде, он признал себя виновным в убийстве Владимира Петухова, в покушении на Виктора Колесова, а также в двух покушениях на Евгения Рыбина. Заказчиками данных преступлений Цигельник назвал Леонида Невзлина и Алексея Пичугина. О том, что заказчиками являются именно эти лица, Цигельнику, якобы, сообщили все те же Горин и Горитовский.
На повторном судебном процессе по второму уголовному делу Алексея Пичугина Геннадий Цигельник вновь дал показания против него и руководства ЮКОСа.
Примечательно, что в разное время Цигельник по-разному описывал не только собственную роль в преступлениях, но и роли Решетникова, Горитовского и других фигурантов.
Так, на судебном заседании 22 мая 2007 года он заявил, что изначально планировалось не только убийство Евгения Рыбина, но и его похищение, а раньше утверждал только об убийстве. На вопрос адвокатов: «Угрожали ли вам работники СИЗО 99/1 в связи с тем, чтобы вы не давали показаний против ЮКОСа?» – сейчас Цигельник ответил отрицательно. А прежде он сообщал о подобных своих опасениях. Также защитники Алексея Пичугина спрашивали Цигельника, давали ли ему следователи распечатку, якобы, телефонных переговоров руководителей ЮКОСа, где шла речь о его физическом устранении. 22 мая 2007 года Цигельник затруднился с точным ответом на данный вопрос, а раньше отвечал утвердительно.
Кроме того, в ответ на вопрос защиты Пичугина Цигельник сообщил, что после вынесения в отношении него обвинительного приговора, с 17 августа 2006 года по настоящее время (то есть 22 мая 2007 года), в СИЗО 99/1 его посещали оперативные сотрудники, которые задавали вопросы об Алексее Пичугине. Эти вопросы, как сказал Цигельник, были «по другому делу, не по этому». Более подробных и точных пояснений свидетель не дал.
После таких слов Цигельника гособвинители заявили ходатайство, в котором попросили суд прервать допрос осужденного, мотивируя это усталостью. Это ходатайство было удовлетворено председательствующим Петром Штундером.
На следующий день, 23 мая 2007 года, на вопрос представителя гособвинения Цигельник дал диаметрально противоположные показания в отношении Владимира Петухова, которые он никогда не давал.
В своей кассационной жалобе, адресованной в коллегию Верховного Суда РФ, в которой Цигельник оспаривал свое осуждение и квалификацию своих действий по статье 105 части 2 УК РФ («убийство двух или более лиц»), а также выступая по телемосту на заседании кассационной инстанции, Цигельник утверждал, что заказ на Петухова был один: избить или ранить. То же самое Цигельник говорил на предварительном следствии.