Погруженность в ремонтные заботы не освобождала "Цесаревич" от участия в порт-артурской пока что лишь оборонительной страде. За счет бездействовавшего броненосца начали пополнять некомплект на других кораблях. На "Петропавловск" перешел младший артиллерийский офицер мичман Б.О. Шишко. С броненосцем он погиб при катастрофе 31 марта. На катера "Цесаревича"(из-за их привязанности к стоянке в порту) были возложены первые опыты только еще организовывавшегося по инициативе С.О. Макарова траления рейда от мин засорявших его японских миноносцев. В продолжении осады и тралении участвовали (сведения из труда МГШ, т. 2, с. 337) офицеры "Цесаревича" капитан 1 ранга Иванов, лейтенанты Драгичевич-Никшич, Щетинин, Зельгейм, мичманы Леонтьев, Бабицын, Гадд, барон Фитингоф.
Регулярно выходили катера и в сторожевые цепи на рейд. В ночь отражения первой попытки японцев закупорить эскадру в гавани лейтенант Н.Н. Азарьев вместе с двумя также вызвавшимися охотниками лейтенантом М.А. Кедровым и мичманом Г.С. Пилсудским по заданию С.О. Макарова высадились на сбившийся с курса и выбросившийся на мель японский брандер. Офицеры- успели перерезать проводники от заложенной в угольных ямах "адских машинок", потушили пожар, лишив ориентировки японские миноносцы. Пушки, снятые с брандера, передали на береговые батареи.
После гибели С.О. Макарова пришлось отдавать людей и для сухопутной обороны крепости. Самым большим (36 человек) был десантный отряд "Цесаревича", входивший в те два батальона, которые каждый день с 11 февраля с заходом солнца свозились на берег для отражения ожидавшейся японской высадки. Высылали и патрули для ловли шпионов, каждую ночь сигнализировавших японцам.
В апреле сформировали роту (96 человек), входившую в состав батальона четвертого резерва. Он должен был оставаться готовым к сбору на берегу по условному сигналу флагманского броненосца. Для вооружения дополнительных рот, формировавшихся в Квантунском флотском экипаже, передали 142 винтовки. В апреле оказалось необходимым назначать комендоров и на батареи Квантунской крепостной артиллерии, где как выяснилось некомплект доходил до 500 человек. Так флот, помимо своих обширных огрехов и не менее чувствительного некомплекта, заставили расплачиваться и за несостоятельность сухопутного командования. Корабль как боевая единица все более дисквалифицировался.
Тем временем водолазы "Цесаревича" с 18 марта начали очищать осушенные отсеки от ила и обломков. Все более прояснявшуюся картину дополнили расчеты главного корабельного инженера порта P.P. Свирского (автора проекта кессона) и французского инженера Кудро. Оказалось, что до опрокидывания "Цесаревича" достаточно было прибавления крена на 0,5°. Своим спасением корабль был обязан броневой переборке (она ограничила поступление воды внутрь корпуса) и энергичному контрзатоплению, которое уже перед самым порогом потери остойчивости успел осуществить П.А. Федоров.