Но Ф.Н. Иванов не посчитался с запретом. Мины встали где надо. 1 мая на этих минах подорвались (и один тут же затонул) два японских броненосца. Выйди русские корабли немедленно в море, и участь японского отряда была бы решена. Но В.К. Витгефт не захотел реализовать тот огромный подъем духа, который вызвала на эскадре японская катастрофа. Корабли остались в гавани. Шанс ударить по врагу в самом его уязвимом месте — по начавшим высадку транспортам и кораблям охранения — использован не был. В.И. Семенов в "Расплате" убеждал, что это было вполне возможно.
Хуже того, вообразив себя героями севастопольской обороны, оставленные наместником в Порт-Артуре адмиралы начали деятельно разоружать флот. Их пустые души нимало не смущались тем финалом, какой в итоге разоружения постиг флот в Севастополе. Ничем не отразились в их сознании ни воинская честь, ни великие заветы предков, ни элементарное предвидение. Все эти, как откровенно выразился о них адмирал Г.П. Чухнин (1848–1906), "пещерные адмиралы" ни в какую не желали понять, что исход войны с Японией решается на море и что без флота победа невозможна. Но директива наместника, данная им в день бегства из Порт-Артура, освобождала от долга совести и чести.
Вместо напряженной боевой подготовки на кораблях, как это было в дни командования флотом С.О. Макарова, тысячи матросов были брошены на египетскую работу втаскивания в гору корабельных пушек. Каждому кораблю было назначены подшефные, им вооружаемые и комплектуемые своими людьми батареи крепостного или приморского фронта.
В протоколе об этом, как выразился В.И. Семенов, "акте самоупразднения флота" от 25 апреля отсутствовали подписи не двух, как говорится в "Расплате", а шести командиров кораблей. Среди тех, кто не согласился с продиктованной будто бы "честью России" концепцией разоружения флота, был и временный командир "Цесаревича" капитан 2 ранга Д.П. Шумов. С кораблей в первую очередь снимали 12 152-мм и 22 75-мм пушки. Иначе говоря, флот сразу лишался целого крейсера. "Ретвизан" и "Цесаревич" обязывались установить на Перепелиной горе 4 152-мм пушки, снятые с "Ретвизана". Отъему пушек "Цесаревича" воспрепятствовала их конструкция, рассчитанная на башенную установку. 2 75-мм пушки "Цесаревича" на Курганной батарее устанавливали силами крейсера "Аскольд", а 4 75-мм на Тыловой батарее силами крейсера "Диана". Координация и организация этих работ возлагалась на "Цесаревич".
Следовавшими одно за другим распоряжениями уточнялись меры по защите кораблей в гавани (прикрытие сходных люков и шахт "дюймовыми листами") и обустройству корабельных команд на береговых позициях. Начали устанавливать, прожекторы. Каждый броненосец формировал еще и подвижную пулеметную батарею: по пулемету с прислугой. На "Цесаревич", "Севастополь" и "Победу" передали обнаруженные в арсенале китайские пулеметы со стволами Маузера.