Основополагающим началом духовного развития своей паствы святитель Агафангел считал литургическую жизнь прихода. И именно в этой области архипастырское служение святителя проявило себя в Рижской епархии с особой энергией и подлинным творческим дерзновением. Не ограничившись тем, что по его благословению на территории епархии были открыты 9 новых приходов и сооружены 30 новых храмов, святитель Агафангел разработал и во многом осуществил в Рижской епархии ряд серьезных литургических преобразований, которые призваны были раскрыть богословское богатство православного богослужения для всех чад Церкви.
Проблемы исправления текста богослужебных книг и приведение храмового богослужения как по форме, так и по содержанию в строгое соответствие с требованиями литургического предания Церкви активно, хотя и частным образом, обсуждались русским епископатом на протяжении всего XIX в. Святитель Агафангел, подобно многим представителям духовенства, воспринимал решение этих проблем в качестве одной из первейших обязанностей православных епископов. В 1905 г., в преддверии намечавшегося Поместного Собора, Свят. Синод уполномочил правящих архиереев представить отзывы о перечне и характере преобразований, которые следовало бы на нем обсудить, и святитель Агафангел в своем отзыве сформулировал свой подход к давно назревшей богослужебной реформе.
«Самый язык наших богослужебных книг требует самого тщательного исправления, – писал святитель. – Уже со времени перевода Библии на русский язык встал с неотложностью вопрос о переводе богослужебных книг на язык, доступный пониманию. Но любовь русского народа к славянскому языку и значение его для соединения всех славянских племен в родной православной вере заставляет желать, чтобы богослужебным языком для православного русского народа оставался славянский язык. Но в таком случае необходимо немедля приступить к исправлению богослужебных книг. Язык их, сохранив греческое построение речи и словопроизводство, совершенно скрывает и весьма часто искажает смысл и содержание многих богослужебных чтений и песнопений. Только немедленным исправлением этого языка до возможности понимания его и не учившимися славянской грамоте возможно сохранять любовь и преданность нынешнего поколения к церковному языку».
Еще более значительные преобразования, по мнению святителя Агафангела, следовало осуществить в практике совершения богослужения. «Желательно также обсуждение и решение Всероссийским церковным Собором вопроса о богослужебном уставе, – писал святитель. – Этот устав составлен применительно к монастырскому обиходу, при котором общественное богослужение совершается ежедневно и круг общественного богослужения распадается на 9 отдельных служб в определенные часы суток. Соединение этих 9 служб в три – вечернюю, утреннюю и дневную, как показывает практика монастырей, – не нарушает цельности и смысла входящих в состав этих служб молитв и песнопений. Обычное же соединение всего круга богослужения в две отдельные части, как это бывает в приходских церквах, в вечернее и дневное, нарушает этот смысл, цельность и гармонию (красоту) Устава церковного. Изменить мирскую жизнь применительно к монастырскому уставу нет возможности, и было бы в высокой степени полезно создать такой богослужебный устав для приходских церквей, который сохранил бы в составе богослужебных молитв и песнопении все существенное, как выражающее нашу веру христианскую и как наследие древней церкви, но расположил бы эти чтения и песнопения в соответствии с часами и характером службы, без томительной длинноты и однообразных многократных повторений».