На следующий же день он был арестован и менее чем через три месяца расстрелян.
В Ярославле святитель Агафангел также отверг предложение обновленцев о сотрудничестве и заявил Красницкому о своем намерении отправиться в Москву, чтобы приступить к исполнению возложенных на него Патриархом Тихоном обязанностей Местоблюстителя. Спешно вернувшись в Москву, где обновленцами при поддержке государственной власти создавался неканоничный орган церковной власти, получивший название «Высшее церковное управление» (ВЦУ), Красницкий сообщил в ГПУ о позиции святителя Агафангела, и вскоре митрополит Агафангел оказался под домашним арестом.
Распространяя ложные слухи об отречении Патриарха Тихона и передаче им своих полномочий обновленческому ВЦУ, обновленцы очень скоро создали в церковной жизни систему настоящего религиозно-политического террора. В результате власть обновленческого ВЦУ признали не только идейные сторонники обновленцев, но и священнослужители, либо введенные обновленцами в заблуждение, либо пытавшиеся сохранить церковную жизнь с помощью временного компромисса с обновленцами. Признали ВЦУ и некоторые епархиальные архиереи, как, например, митрополит Нижегородский Сергий (Страгородский). Задержанный властями в Ярославле, святитель Агафангел 18 июня 1922 г. принял решение обратиться ко всем чадам Русской Православной Церкви с посланием, в котором дал оценку происходящим в церковной жизни событиям и указал пути решения проблем, возникших в церковном управлении после ареста Патриарха Тихона. Это послание стало актом величайшего, поистине исповеднического мужества святителя Агафангела.
Понимая необходимость оповестить всех русских православных христиан о том каноническом основании, на котором основывались его, теперь уже первоиераршие полномочия, святитель Агафангел предварил свое послание полным текстом грамоты Патриарха Тихона от 16 мая 1922 г. В ней арестованный Патриарх назначал его своим заместителем. Святитель Агафангел впервые официально опроверг ложные слухи, распространявшиеся обновленцами, о содержании последних решений Патриарха Тихона и подтвердил принятие на себя полномочий Патриаршего Местоблюстителя. Далее святитель, как единственный законный преемник Патриарха Тихона, счел необходимым дать каноническую оценку обновленческим органам церковной власти. «Между тем меня официально известили, – писал святитель Агафангел, – что явились в Москве иные люди и встали у кормила правления Русской церкви. От кого и какие на то полномочия получили они, мне совершенно неизвестно. А потому я считаю принятую ими на себя власть и деяния их незакономерными».