В июне две тысячи первого года в ходе спецоперации в селе Алхан-Кала ликвидирован Арби Бараев, убийца и террорист, лично убивший около двухсот человек. На его совести — была казнь и иностранных заложников. Точечная операция была бы невозможной, если бы схрон Арби Бараева не выдали.
В ноябре две тысячи первого года был ликвидирован ближайший сподручный Хаттаба «генерал» Адам Умалатов по кличке Тегеран. Небольшая группа боевиков попала в засаду и погибла до последнего человека.
Крупный отряд бандитов под командованием Шамиля Басаева при прорыве из окруженного Грозного попал в засаду, сам Басаев подорвался на мине и потерял ногу, до трехсот человек — осталось на минном поле. Эта операция была бы невозможной, если бы место прорыва Басаева не выдали.
За три — четыре года с момента начала контртеррористической операции — удалось ликвидировать практически всю верхушку бандформирований. В этом, российские разведслужбы оказались на одном уровне с американскими, хотя техническое оснащение американцев — выше как минимум на поколение.
Среди ликвидированных бандитов и террористов: Хункарпаша Исрапилов, Асламбек Исмаилов, Лечи Дудаев, Абу Мовсаев, Иса Астамиров, Бауди Бакуев, Магомед Цагараев, Арби Бараев, эмир Хаттаб, Руслан Гелаев, Зелимхан Яндарбиев, Ваха Арсанов, Аслан Масхадов и Абдул-Халим Сайдулаев. Уничтожено более тысячи иностранных наёмников, воевавших на стороне чеченских боевиков, на территории России. Среди уничтоженных: Абу Умар — полевой командир из бандформирования Хаттаба, Абу Хаким — первый заместитель Хаттаба, араб; Абу Бакар — командир группы иностранных наёмников из бандформирования Хаттаба, гражданин Турции; а также полевые командиры — арабы: Абу Самад, Абу Идрис, Гамиди Якуб, Сайфулла — всего двадцать полевых командиров-арабов воевавших под командованием Хаттаба и Абу аль Валида, нашли свою смерть в Чечне.
В январе 2003 года в ходе спецоперации уничтожен Шамсуди Сапиев — ближайший сподвижник Шамиля Басаева главарь одной из банд орудовавшей в Шалинском районе. Он был известен под кличкой «Малыш» и имел позывные «Каратель» и «Абу Саяп».
В июне 2004 года в селе Далаково в Ингушетии при попытке задержания уничтожен Магомед Евлоев. Он являлся ближайшим подручным Басаева, был тесно связан с арабами — наёмниками, в том числе и с Абу аль Валидом. По его личному указанию он обосновался в Ингушетии, стал «эмиром» и координировал преступную деятельность боевиков в этой республике.
В апреле 2004 года был убит и сам Абу аль Валид — бывший командир спецназа Саудовской Аравии арабский полевой командир, «правая рука» Хаттаба, который причастен к взрывам жилых домов в Москве в 1999 году и военного госпиталя в Моздоке летом 2003 года.