Следующим на очереди оказался Киев, где местные власти почти за месяц знали о дне будущего погрома, но ничего не сделали для его предотвращения, хотя в их распоряжении было много солдат и полицейских. В городе появились те же самые "молодцы", которые уверяли местных жителей, что "дозволено трое суток потешиться над жидами, за это ничего не будет, а нашему брату не мешает поживиться". Погром начался в воскресенье двадцать шестого апреля на Подоле. "В двенадцать часов дня, - писал очевидец, - воздух вдруг огласился диким криком, свистом, гиканьем, ревом и хохотом. Шла громадная масса мальчишек, мастеровых и рабочих. Полетели стекла, двери, стали выбрасывать на улицу из домов и магазинов решительно все, что попадалось под руку. Толпа бросилась на синагогу и несмотря на крепкие запоры мигом разнесла ее. Свитки Торы рвались в клочки, топтались в грязь и уничтожались…" Затем погром перекинулся с Подола на прочие улицы Киева. Пьяная, озверелая толпа сокрушала все на своем пути, а солдаты с полицией только сопровождали погромщиков с места на место и время от времени предлагали им разойтись. Изредка к толпе подъезжал генерал-губернатор и "увещевал народ", а когда он уезжал, все начиналось сызнова. Ночью, в предместье Киева, толпа разграбила кабаки, перепилась, а затем подожгла еврейские дома. Мужчин забивали до смерти или бросали в огонь, а женщин насиловали. За сутки погромщики разрушили в Киеве около тысячи еврейских домов и магазинов, убили и ранили несколько десятков евреев и изнасиловали много женщин. На другой день войска стали разгонять толпу прикладами, кое-где даже стреляли, чтобы остановить озверевших людей, и разбой прекратился, - хотя справиться с ним можно было в первые же минуты погрома.
После Киева подошла очередь деревень и местечек Киевской и Черниговской губерний, Жмеринки и Конотопа, а затем и земледельческих колоний Новороссии. И здесь, как и в прочих местах, повторялось одно и то же: сначала приезжали зачинщики из великорусских губерний, а по окончании погрома они тут же исчезали. "В народе сложилось убеждение в полной почти безнаказанности самых тяжких преступлений, - писал впоследствии правительственный чиновник, - если только таковые направлены против евреев, а не других национальностей". Кое-где крестьяне решали на сходах, что и они "обязаны" громить своих евреев, так как царь этого от них требует. В одной деревне полиция попросила их не буйствовать, и тогда крестьяне потребовали письменное удостоверение, чтобы не отвечать потом перед властями за невыполнение царского указа. В другом месте крестьян успокоили таким доводом: "если бы правительство хотело бить евреев, то ведь у него достаточно для этого войск, - мужики почесали затылки и разошлись по домам".