К тому времени уже стало ясно, что иудействующие распространились почти по всей России, и по официальным подсчетам их числилось около двадцати тысяч человек. И тогда для борьбы с сектантами Александр I утвердил самые суровые меры: распространителей учения немедленно забирать в солдаты или ссылать в Сибирь, в самые отдаленные места, "дабы они никого не вовлекли в свое заблуждение"; не выдавать сектантам паспортов, чтобы они не могли ездить с места на место и распространять свое учение; категорически запретить им обрезание, молитвенные собрания, венчания, погребения и прочие обряды, "не имеющие сходства с христианскими"; и последнее указание - непременно "именовать субботников жидовскою сектою и оглашать, что они подлинно суть жиды", так как наименование субботники не производит в народе необходимого "к ним отвращения".
Тотчас же начались гонения: многих отдавали в солдаты или целыми селениями ссылали в Сибирь вместе с детьми старше восемнадцати лет, а их малолетних детей отбирали для воспитания в православии. Деревни сектантов стояли разоренными и опустелыми, многие из субботников только внешне, под угрозой наказания, принимали православие, а на самом деле тайно исполняли прежние свои обряды. Одну группу сектантов сослали в Енисейскую губернию и в глухом краю, подальше от начальства, они основали деревню и назвали ее - Обетованная. Но енисейский губернатор название не утвердил и повелел переименовать Обетованное в Иудино - в память Иуды-предателя, от которого, как считал губернатор, и происходили иудействующие. Трудолюбивые и непьющие поселенцы обрабатывали землю на общинных началах и вскоре стали сбывать на прииски хлеб, овощи и мясо. После присоединения к России Амурского края сектантов стали расселять и на Амуре. Там, возле Благовещенска, они основали свою деревню, занимались хлебопашеством и скотоводством, выстроили себе синагогу и молились в ней по-еврейски - на "лошон койдеш", то есть на "святом языке".
Кроме Сибири иудействующих ссылали и в Грузию, на вечное поселение, но оттуда они распространились по всему Закавказью и склонили многих в свою веру. Один из священников так описывал субботнюю службу в синагоге иудействующих на Кавказе: "При входе в дом меня поразило прежде всего то, что все мужчины стоят в шапках; в переднем углу висело несколько полотенец, на столе лежала Библия и горел огарок стеариновой свечи, - вот и вся обстановка места, назначенного для богослужения. Мужчины стояли впереди, за ними женщины, а в задней части избы, на печке и на лавках сидели малолетние дети… Помощник раввина начал петь, а за ним и все мужчины, и таким образом пропели весь псалом. Напев был подобен напеву общеупотребительных народных песен, и самые приемы запевалы и певчих также похожи на способы песенников. По окончании псалма все подняли руки вверх и пропели тем же напевом: "Свят, свят, свят Господь Саваоф, наполнена вся земля славой Его!" Затем все поклонились раввину в пояс, чем и окончилось их моление… Я спросил: "Зачем же вы молитесь Богу в шапках?" - Так велено, - сказали они, - в законе Моисеевом".