В 1771 году в Вильно свирепствовала эпидемия, грудные дети умирали один за другим по неизвестной причине, и врачи не могли с этим справиться. Стали говорить, что эпидемия послана с Неба за прегрешения евреев против веры. Провели расследование, обнаружили тайную хасидскую молельню в самом Вильно, в столице талмудической учености! - и охваченные страхом евреи потребовали строго наказать "шайку богоотступников", чтобы прекратить эпидемию и отомстить "за оскорбленную честь Торы". В то время был еще жив Яаков Франк, основатель секты франкистов, который со своими приверженцами принял христианство и призывал всех евреев обратиться к "религии Эдома". Виленские раввины предполагали поначалу, что объявившиеся у них хасиды являются сторонниками Франка или, быть может, самого Саббатая Цви - лжемессии. А тут еще стали поговаривать, что проповедник Хаим, глава виленских хасидов, будто бы оскорбительно отозвался о Виленском гаоне, - и этого было достаточно, чтобы начать преследование.
Весной 1772 года наиболее почтенные граждане виленской общины рассмотрели собранные улики, опросили свидетелей и постановили разогнать молитвенное собрание "карлинских хасидов". Их главу Хаима заставили публично повиниться в грехах в четырех синагогах города, а затем повели его к Виленскому гаону, и Хаим попросил у того прощения. Но Элиягу Гаон сурово ответил на это: "Мою личную обиду я тебе прощаю. Но обида, нанесенная тобой и твоими приверженцами Богу и святому учению Его, вряд ли будет вам прощена до самой вашей смерти. Еретикам нет возврата". И проповедника Хаима заставили покинуть город.
Но Виленский гаон этим не ограничился. Он потребовал, чтобы против хасидов предприняли самые решительные меры, потому что "преследовать, гнать и сживать со свету таких людей - богоугодное дело". Тогда привели в кагальную избу некоего Исера, "самого уважаемого и прославленного человека" среди виленских хасидов, наказали его ударами ремня и сожгли тут же все найденные хасидские рукописи. На другое утро, в субботу, в переполненной Большой синагоге Вильно провозгласили великий "херем" - отлучение от еврейского общества всех виленских хасидов и разослали послание в еврейские общины за подписью Элиягу Гаона: "Пусть везде преследуют и угнетают хасидов… Пусть рассеивают их сборища…, чтобы истребить идолов с лица земли. Тот же, кто поспешит в этом добром деле, удостоится жизни вечной".
В Бресте, Гродно, Пинске, Слуцке и других городах тоже провозглашали отлучение хасидов от общин и устраивали на них гонения. Выпустили специальный сборник посланий против "еретиков", который рассылали повсюду, а хасиды скупали его, где только можно, и уничтожали. Некоторые из хасидов уходили от гонений на юг, другие таились и скрывали свою принадлежность к этому учению, но особые раввинские послания учили распознавать их "тайную сущность": по усиленным телодвижениям и выкрикам во время молитвы, по их мокрым пейсам - от обычая хасидов совершать омовение до утренней молитвы, и даже по чрезмерному курению табака. "В настоящее время, - писали из Вильно в 1772 году, - распространилась эта зараза за грехи наши многие и созрела эта язва повсюду, во всякой области и во всяком городе".