А через самое малое время в виленских синагогах - в полной темноте и после трубных звуков шофара - провозгласили, что хасиды не только "отлучаются и отвергаются от всех, но вовсе не признаются сынами Израиля". Создали специальную комиссию для искоренения "секты", назначили "тайного преследователя", и по его наущению толпа повсеместно оскорбляла и притесняла хасидов, портила их имущество и однажды ворвалась в дом богатого хасида, оптового виноторговца, открыла краны у всех бочек и вылила вино наружу. Такие погромы устраивали не один раз, хасиды пожаловались на это виленскому губернатору, и тот запретил кагалу "наказывать евреев, нарушающих обряды религии, и позволил каролинам отправлять богослужение" по их правилам.
Виленские раввины не могли уже справиться с хасидами своими силами и решили обратиться за помощью к русскому правительству. В то время в Петербурге опасались вредного влияния революционных событий во Франции, и потому ловили по всей стране собственных заговорщиков, явных и мнимых, и привозили их на допрос в столицу. Особенно преследовали тайные масонские общества и религиозные секты, а их руководителей ссылали в Сибирь - на поселение или даже на каторгу. Надо было доказать властям, что хасидизм - это одна из разновидностей тайных обществ, и в Петербург поступил из Вильно донос "о вредных для государства поступках руководителя каролинской секты Залмана Боруховича". Этого было достаточно, и осенью 1798 года пришло повеление: арестовать в местечке Лиозно главаря " секты" и двадцать два его "сообщника" и "под крепким караулом" отправить в Петербург.
На рабби Шнеура Залмана надели железные оковы, посадили его в телегу и под охраной отправили в Витебск, а оттуда уже, в почтовой карете, привезли в Петербург и поместили в одиночную камеру Петропавловской крепости. Известие об этом чрезвычайно обрадовало противников хасидизма, а "во всех городах, куда доходило повеление царя, был между хасидами великий плач и пост, и рыдания". Сразу же стали собирать деньги "на освобождение учителя" и среди прочего установили особый налог: каждый жених жертвовал на это благое дело часть полученного приданого. Собрали огромную сумму - около шестидесяти тысяч рублей, и с этими деньгами ходатаи отправились в Петербург.
С первого дня заключения рабби Шнеур Залман отказался есть тюремную некашерную пишу. Он заявил, что скорее умрет, нежели съест что-либо, приготовленное неевреями, и тюремные власти разрешили приносить еду из еврейского дома. Вскоре начались допросы узника в Тайной канцелярии, где обычно разбирались дела по особо важным государственным преступлениям. На допросах присутствовали сенаторы и высшие сановники, и глубокомысленные ответы обвиняемого только укрепляли поначалу следователей в их подозрениях. Рабби Шнеура Залмана обвинили в создании вредной религиозной секты, в распространении нежелательных религиозных идей и в нелегальной отправке денег в Палестину для каких-то политических целей - быть может, в заговоре с самим Наполеоном.