Гермогену суждено было окончить свои дни в подземелье Чудова монастыря. Он умер голодной смертью либо (как свидетельствуют польские источники) был задушен. День его кончины 17 февраля (2 марта) 1612 года.
Когда-то святейший патриарх называл Чудов монастырь своим «обещинием», ибо здесь он вступил на путь монашеского подвига. И кто бы мог тогда подумать, что его постигнет здесь мучительная насильственная смерть! И почему, однако, никто из бояр не подал голоса в его защиту? Удивительно ли, что поляки в решении его судьбы ссылались на Боярскую думу.
Зато какие соболезнования выражали те же бояре после его кончины! Князь Хворостинин, друг первого самозванца, плакался у гроба святейшего:
— Где положим пострадавшего от еретиков Христа ради нашего учителя, говорите нам? Где Царя Небесного сокровенная драхма положена? Где воин и заступник веры нашей, повествуйте нам!
А монахи, слушая эти причитания, недоумевали и так говорили между собой:
— Не он ли, Иван Хворостинин, князь, был пособником «Тушинского вора», первого из еретиков?!
И стыдливо опускали глаза, видя, как князь Иван, целуя святой гроб, зело плакал:
— Печать ныне на твоих златых честных устах...
Истинную же боль о смерти патриарха выразили простые люди:
— Ежели бы не он, крепкий и великий столп православия, многие отверглися истинной святой веры...
Гермоген был погребён в монастыре чуда Архистратига Михаила. Современники отмечали многие знамения у его гроба. И люди потянулись к святому гробу со своими скорбями и надеждами. И хотя время его церковного прославления не пришло, многие хранили в своей душе образ святейшего Гермогена как истинного архипастыря, мученика и чудотворца. В юбилейные 1912— 1913 годы ревнители его памяти через московского митрополита Макария обратились к Святейшему Синоду с ходатайством о причтении святейшего патриарха Гермогена к лику святых Божьих как великого молитвенника за Русь православную, как великого чудотворца, по молитвам которого отвершались многие исцеления и после смерти которого у гроба совершались исцеления и знамения. Свидетельством этих чудес была сохранившаяся книга записей.