Основное шасси с подкосами и громоздкими кожухами-«штанами» было переработано, его конструкция упростилась. Теперь колеса и амортизационные стойки были закрыты обтекателями меньшего размера, состоящими из двух элементов. Продольные и поперечные подкосы исчезли. Полностью была перепроектирована двухместная кабина, а также фонарь. Подвижные секции фонаря над местами членов экипажа сделали сдвигаемыми по направляющим назад. Пулемет MG 15, защищающий заднюю полусферу, разместили в более удобной для стрелка шаровой установке на вращающемся «линзовом лафете», что позволило также увеличить углы обстрела. До этого в задней части фонаря была лишь амбразура.
Оборудование кабины также улучшилось. Старый бомбовый прицел Stuvi был заменен Revi С/12С, который можно было использовать как при бомбометании, так и при стрельбе из неподвижного курсового пулемета MG 17. Стрелок- радист получил радиостанцию FuG VIIа.
Вслед за прототипом Ju 87.V6 были построены опытные машины Ju 87.V7, V8 и V9. Все они использовались для усовершенствования будущей серийной «Берты», а также для испытаний двигателя Jumo 211А. Десять предсерийных машин Ju 87В-0 были изготовлены в Дессау для войсковых испытаний. С двигателем взлетной мощностью 1 000 л.с. «Штука» теперь могла нести на трапеции 500-кг бомбу, будучи укомплектованной экипажем из двух человек.
Кроме того, на левой консоли установили второй пулемет. Машину оснастили также четырьмя крыльевыми держателями ЕТС 50, что давало самолету возможность нести еще четыре 50-кг бомбы (в этом случае на подфюзеляжном держателе подвешивалась 250-кг бомба). Новая модификация обладала более высокой скоростью, но из-за увеличившейся массы машины сократилась дальность. Самолет был оснащен двигателем Jumo 211А-1 взлетной мощностью 1 000 л.с. Мотор был оборудован системой непосредственного впрыска топлива.
Пять Ju 87В-1 были отправлены в Испанию, где они сменили тройку Ju 87А-1, служивших в легионе «Кондор». Новые машины принимали участие в битве за Каталонию в январе и феврале 1939 г., действуя в составе 5.К/88. После окончания гражданской войны в Испании они были разобраны и доставлены обратно в Германию. Согласно некоторым источникам, один самолет был потерян в ходе боевых действий.
Отчеты из Испании и приготовления к будущему военному конфликту в Европе диктовали необходимость ускорения серийного производства самолета в Германии. В Бремен-Лемвердере был построен новый авиационный завод.
В процессе серийного производства в конструкцию самолета вносились некоторые изменения. На новых машинах появились регулируемые створки у выходного отверстия водяного радиатора, а также выхлопные патрубки реактивного типа (в зависимости от конкретной производственной серии внедрялись либо оба новшества, либо одно из них). Затем регулируемые створки радиатора исчезли, но реактивные патрубки сохранились. В верхней части обтекателей шасси установили две маленькие сирены (на некоторые машины Ju 87В-1 ставили только одну сирену).